Conseil de promotion économique du Canada atlantique
Le Conseil de promotion économique du Canada atlantique formule des conseils sur les questions d'orientation politique et stratégique, et épaule l'Agence dans ses efforts visant à favoriser le développement économique au Canada atlantique. Le Conseil n'est pas habilité à prendre de décision ni à diriger les actions de l'Agence. Les membres du Conseil de promotion économique du Canada atlantique sont nommés à titre amovible par le gouverneur en conseil sur recommandation du ministre de l'APECA pour un mandat d'au plus trois ans qui peut être renouvelé une fois.

Direction générale des politiques et des programmes
La Direction générale des politiques et des programmes aide l'Agence à administrer un grand nombre de programmes de financement. Elle est composée des directions suivantes : Direction des politiques, Direction du développement des entreprises,Direction du développement des collectivités, Direction du commerce et de l'investissement, Direction de la défense des intérêts et des retombées industrielles, et Direction de la planification intégrée et des opérations.

La Direction des politiques fournit une solide assise de compréhension pour l'établissement des priorités et l'élaboration des initiatives de l'Agence, la conception des programmes et la participation à la formulation de la politique nationale et aux relations fédérales-provinciales, y compris pour l'élaboration des politiques et des cadres et la formulation de conseils. Les travaux de l'Agence en matière de politique sont en partie étayés par un fond dédié de l'APECA, la Mesure de recherche stratégique visant la région de l'Atlantique, qui permet de renforcer les capacités de recherche stratégique dans la région de l'Atlantique. La Direction des politiques comprend trois divisions : la Division du développement des politiques stratégiques, la Division de la politique d'innovation et des projets de recherche, et la Division de l'analyse économique.

La Direction du développement des entreprises compte la Division des programmes, la Division de l'innovation, et la Division de l'entrepreneurship et du perfectionnement des compétences en affaires. La Direction du développement des entreprises est responsable des programmes de financement suivants :

Le Programme de développement des entreprises (PDE), destiné aux petites et moyennes entreprises (PME), donne accès à du capital sous la forme de contributions non garanties remboursables, non remboursables ou partiellement remboursables ne portant pas intérêt. L'initiative Entrepreneurship et perfectionnement des compétences en affaires, qui dépend du Partenariat pour l'investissement au Canada atlantique (PICA), soutient l'embauche de personnel qualifié et favorise le renforcement des capacités d'innovation. L'Initiative pour jeunes entrepreneurs, qui fait partie du PICA, fournit une aide financière aux organismes sans but lucratif, aux établissements d'enseignement et aux municipalités en vue d'offrir aux jeunes Canadiens et Canadiennes de l'Atlantique âgés de moins de 35 ans de l'information, de l'appui et de la formation pour le perfectionnement des compétences en affaires. Le capital de risque finance et favorise le développement des marchés financiers dans le Canada atlantique. L'Initiative Femmes en affaires, qui dépend aussi du PICA, apporte une aide financière non remboursable aux organismes à but non lucratif qui aident les femmes propriétaires d'entreprises à réunir les ressources dont elles ont besoin pour donner de l'expansion à leur entreprise et la rendre compétitive. Enfin, le Fonds d'innovation de l'Atlantique (FIA), qui fait partie du PICA, investit dans de grands projets de recherche-développement d'avant-garde menés par des entreprises du secteur privé et des établissements de recherche de la région. Le conseil consultatif du FIA étudie toutes les propositions qu'il reçoit, les analyse attentivement et émet sa recommandation au ministre de l'APECA. L'APECA finance également le Partenariat du tourisme du Canada atlantique au titre du volet Tourisme de la phase II du PICA. Il incombe également à la Direction du développement des entreprises d'entreprendre les démarches de recouvrement de tous les programmes de financement.

La Direction du développement des collectivités comprend trois divisions : la Division du développement économique des collectivités, la Division du développement économique des Autochtones et la Division du multiculturalisme et des langues officielles. La Direction du développement des collectivités est responsable des programmes de financement suivants.

L'Agence favorise le développement économique des Autochtones au moyen du PDE, en privilégiant les domaines cernés à la fois par le gouvernement et par les partenaires autochtones [Initiative conjointe de développement économique et forum tripartite entre les Mi'kmaq, la Nouvelle-Écosse et le Canada], et en investissant dans le perfectionnement des compétences en gestion, l'amélioration de la productivité, l'expansion des marchés, l'innovation et l'accès au financement. Au titre du PDE, la Direction du développement des collectivités octroie des fonds à 41 Corporations au bénéfice du développement communautaire (CBDC), qui servent des secteurs ruraux de la région de l'Atlantique, et à d'autres organismes communautaires qui se chargent de gérer le Programme de capital d'appoint. En collaboration avec d'autres ordres de gouvernement, l'APECA finance également 52 Organismes de développement économique régional, responsables de la coordination, de l'élaboration et de la mise en œuvre d'initiatives de développement économique stratégique au niveau local et régional.

La Direction du développement des collectivités est également responsable de la mise en œuvre de programmes d'infrastructure pour le compte d'Infrastructure Canada. Le volet Collectivités du Fonds Chantiers Canada soutient les projets d'infrastructure des petites municipalités, tandis que le volet Grandes infrastructures cible des projets de plus grande envergure, d'importance nationale ou régionale/provinciale, qui doivent générer des retombées importantes en stimulant l'économie, en rendant l'environnement plus sain ou en renforçant les collectivités. En plus des programmes d'infrastructure, la Direction du développement des collectivités administre également le Fonds des collectivités innovatrices, qui s'inscrit dans la phase II du PICA, et investit dans les projets stratégiques qui consolident les économies des collectivités du Canada atlantique; le Programme de développement des collectivités, qui aide ces dernières à cerner leurs priorités et à mettre en œuvre des projets de développement économique; et la Mesure d'adaptation du chantier naval de Saint John, mise en œuvre suite à la perte de l'activité manufacturière pour réagir à ses conséquences économiques difficiles sur la province du Nouveau-Brunswick. L'Agence travaille en étroite collaboration avec des organismes économiques francophones, des responsables de développement économique régionaux, des commissions et des conseils, et les tient au courant du grand éventail de services que la Division du multiculturalisme et des langues officielles met à la disposition des entrepreneurs et des sociétés francophones.

La Direction du commerce et de l'investissement est constituée de quatre divisions : la Division des ententes sur la promotion du commerce extérieur, la Division d'Équipe Canada atlantique, la Division du commerce et la Division de l'investissement. La Direction du commerce et de l'investissement est responsable de l'administration du Partenariat pour le commerce et l'investissement au Canada atlantique (PCICA), qui fait partie du PICA. Le PCICA vise à améliorer les performances des exportateurs en travaillant avec des partenaires et à promouvoir l'investissement étranger direct. Ce partenariat compte les cinq éléments suivants :Équipe Canada atlantique, Stratégies d'exportation sectorielles, Formation en commerce et perfectionnement des compétences, Programme de stages dans le domaine de l'exportation pour les diplômés en commerce et Stratégie atlantique pour l'investissement. La Direction du commerce et de l'investissement est également responsable du Programme de promotion du commerce extérieur, programme stratégique de promotion de la culture de l'exportation au Canada atlantique par l'entremise de quatre éléments inter reliés : activités de promotion du commerce extérieur, planification et recherche, formation et sensibilisation à l'exportation, et information commerciale.

La Direction de la défense des intérêts et des retombées industrielles compte deux divisions : la Division de la défense des intérêts politiques et du Cabinet, et la Division des retombées industrielles. La défense des intérêts porte sur des questions prescrites, des points de législation, la stratégie, la direction et l'approche de programme, ainsi que sur les enjeux de politique horizontale. Cette fonction complète les efforts menés au plan des politiques en mobilisant d'autres intervenants dans les débats d'idées et l'établissement des positions, dans l'optique de faire progresser le développement de la région atlantique à l'échelle nationale. En accomplissant des fonctions de défense des intérêts, la Direction vise à informer, à mobiliser et à influencer les décideurs afin de défendre et de promouvoir efficacement les intérêts du Canada atlantique au sein du pays. Par son rôle de défense des intérêts, l'APECA anticipe et entreprend des analyses dans les domaines critiques pour le Canada atlantique, coordonne les rôles de développement des autres ministères, le cas échéant, et défend les intérêts de la région atlantique lors des prises de décisions nationales. La Division des retombées industrielles permet de mettre en avant les capacités et l'expertise du Canada atlantique dans les grands projets d'approvisionnement du gouvernement fédéral au titre de la Politique fédérale des retombées industrielles et régionales (RIR). Elle consiste également à surveiller en permanence la formulation des politiques d'approvisionnement fédéral du point de vue régional.

La Direction de la planification intégrée et des opérations coordonne les processus d'établissement du budget et de prévisions budgétaires. Elle est responsable des sorties d'argent réalisées au titre des versements, des subventions et des contributions pour le compte de la Direction générale des politiques et des programmes. Elle effectue les vérifications des demandes de subvention, de contribution et de versement pour veiller à ce qu'elles soient conformes aux politiques applicables. Elle coordonne également les renseignements de toute la Direction générale des politiques et des programmes à prendre en compte dans le plan de fonctionnement intégré annuel. La Direction de la planification intégrée et des opérations seconde les agents de la Direction générale des politiques et des programmes pour la dotation et la gestion des ressources humaines, particulièrement pour la planification à long terme, la gestion des bassins de dotation collective et la mise en vigueur de techniques de gestion axées sur les compétences.

Direction générale des finances et des services corporatifs
La Direction générale des finances et des services corporatifs garantit l'exercice d'une saine gestion et apporte un soutien financier et administratif dans toutes les activités de programme de l'Agence. Cette direction générale compte les directions suivantes : Direction de la vérification, Direction de la planification ministérielle et de la gestion du rendement, Secrétariat général, Direction des finances et des services administratifs et Bureau du dirigeant principal de l'information.

La Direction de la vérification fournit des services de certification et de conseils indépendants et objectifs sur l'élaboration et l'application efficaces des stratégies et des pratiques de gestion du risque de l'Agence; des cadres, des systèmes et des pratiques de contrôle de la gestion; et des processus de gouvernance. La Direction de la vérification participe également à la gestion dans un grand nombre de domaines, dont la validation des rapports à la haute direction, la participation au processus décisionnel et l'évaluation des politiques ou des programmes aux stades de la conception, de la mise en œuvre et des résultats.

La Direction de la planification ministérielle et de la gestion du rendement applique les principes de gestion axée sur les résultats pour coordonner la planification, l'évaluation, la mesure du rendement, les comptes rendus et la gestion du risque à l'échelle de l'Agence.

Le Secrétariat général prodigue des conseils et des services administratifs au ministre, au président, au Conseil de promotion économique du Canada atlantique et au Comité de direction de l'Agence. Le Secrétariat général travaille en étroite collaboration avec le Bureau de la présidente et le Bureau de liaison ministérielle pour coordonner les demandes de renseignements précis envoyées par le ministre ou le cabinet du ministre, la présidente ou le Conseil de promotion économique du Canada atlantique. Le Secrétariat général est également responsable de l'accès à l'information et de la protection des renseignements personnels pour le compte de l'Agence, des services de réception au siège social, de la correspondance présidentielle et ministérielle, et des services de traduction à l'Agence.

La Direction des finances et des services administratifs assure la gestion des finances, de la chaîne d'approvisionnement et des installations/biens. Les services de gestion financière comprennent les mesures qui sont prises pour garantir l'emploi prudent des deniers publics, c'està-dire planification, budgétisation, comptabilité, rapports, contrôle, surveillance, analyses, conseils d'aide à la décision et systèmes financiers. Les services de gestion de la chaîne d'approvisionnement portent sur l'achat des produits et des services, le contrôle des stocks de biens et/ou de ressources achetés, et la gestion logistique connexe. Les services de gestion des installations/biens incluent la maintenance, l'administration et le fonctionnement des installations et des biens, notamment les immeubles à bureaux, les parcs de matériel, les machines et autres biens immobilisés qui appartiennent au gouvernement fédéral.

Le Bureau du dirigeant principal de l'information est chargé de gérer l'information ministérielle en tant que bien critique pour assurer son utilisation efficace à l'appui de la mission de l'Agence. Il offre deux services principaux : technologie de l'information et gestion de l'information, qui comprennent les activités suivantes : renseignements commerciaux, soutien de la technologie d'information, soutien et maintenance des applications, développement de solutions d'affaires, architecture d'entreprise, gestion de dossiers et sécurité de l'information.

Direction générale des communications
La Direction générale des communications transmet au public de l'information opportune et précise sur les politiques, les programmes et les initiatives. Elle donne des conseils stratégiques, offre des services et fait profité de son expertise au ministre, à la présidente et à la haute direction. Elle fait en sorte que l'Agence soit bien en vue et rende des comptes au public. Trois directions relèvent de la Direction générale des communications : la Direction des affaires publiques, la Direction des services à la clientèle et la Direction du marketing et des relations externes, dont les activités portent notamment sur la production et la distribution de publications internes, les recherches sur l'opinion publique, le développement du contenu du site Web, les relations avec les médias, les affaires parlementaires, la publicité, les activités de relations externes, les événements publics, les annonces et les communications internes.

Bureaux régionaux
L'Agence a quatre bureaux régionaux et plusieurs bureaux locaux dans les villes des quatre provinces de l'Atlantique. Les bureaux régionaux sont chargés de mettre en œuvre les programmes de l'APECA dans leurs provinces respectives.

Établie à Sydney, Nouvelle-Écosse, la Société d'expansion du Cap-Breton est chargée de mettre en œuvre la plupart des programmes de l'APECA dans l'Île du Cap‑Breton.

À Ottawa, un bureau de l'APECA défend les intérêts des Canadiens de la région atlantique lors de l'élaboration des politiques et des programmes nationaux. Ce bureau représente également les intérêts des entrepreneurs de la région dans le processus d'approvisionnement fédéral.

La Direction générale des ressources humaines
La Direction générale des ressources humaines propose au personnel de l'Agence des produits et des services liés aux ressources humaines. Cette direction générale est composée des directions suivantes : Direction de la classification et des systèmes des ressources humaines, Direction de la dotation, Direction de la planification et de l'équité en emploi, et Direction du perfectionnement. Les fonctions assumées par ces directions sont les suivantes : classification, planification des RH, apprentissage, langues officielles, dotation, rémunération, relations de travail, modernisation des RH, renouvellement de la fonction publique, équité en emploi, et prix et mises à l'honneur.

Secrétariat des Conseils fédéraux régionaux
Les Conseils fédéraux régionaux des quatre provinces de l'Atlantique soutiennent le perfectionnement professionnel des hauts fonctionnaires fédéraux qui en font partie et coordonnent l'échange de renseignements entre les ministères fédéraux dans les régions. Chaque conseil est présidé par le vice-président local de l'APECA, dont les bureaux sont chargés de dispenser des services financiers et administratifs au conseil.