La structure de gouvernance actuelle d'AAC comporte un modèle matriciel de gestion. Les conseils de direction, c'est-à-dire les sous-comités du Conseil exécutif, coexistent avec les directions générales traditionnelles. Ils sont axés sur les priorités ministérielles qui sont décrites dans l'Architecture d'activités de programmes.

Le fonctionnement de ce système matriciel implique des responsabilités individuelles et collectives. Les sous-ministres adjoints (SMA) et les autres cadres supérieurs assument collectivement la responsabilité de la gestion horizontale et des résultats par le truchement des conseils de direction et assument individuellement la responsabilité de la gestion de leurs directions générales respectives. En outre, ils rendent compte de leurs activités à la sous-ministre par la filière des directions générales.

Responsabilités des conseils de direction : orientation stratégique des propositions relatives aux politiques et aux programmes; gestion horizontale des directions générales; affectation et surveillance des ressources; gestion du rendement (résultats) du Ministère.

Responsabilités des directions générales : fournir les ressources habilitantes pour élaborer et mettre en œuvre la politique, les programmes et les services du Ministère; exercer les pouvoirs délégués et gérer les ressources financières, humaines et autres du Ministère; assurer la planification des activités et la gestion budgétaire et opérationnelle; produire les extrants et rendre compte du rendement financier et non financier. Les directions générales créent des équipes pour élaborer et mettre en œuvre la politique, les programmes et les services du Ministère, et pour aider les conseils de direction à assumer leurs responsabilités.

Équipes horizontales

Équipe de gestion des risques de l'entreprise
L'équipe de gestion des risques de l'entreprise s'est engagée à améliorer la capacité des agriculteurs de gérer les risques tout en accroissant la viabilité et la rentabilité du secteur grâce à la mise en œuvre d'un cadre intégré de gestion des risques de l'entreprise.

Équipe de l'environnement
L'équipe de l'environnement effectue de la recherche fondamentale et appliquée et met au point des programmes et des politiques contribuant à minimiser les conséquences néfastes pour l'environnement et à accroître les avantages que l'agriculture peut avoir pour son milieu (c'est-à-dire le sol, l'eau, l'air et la biodiversité). Elle établit aussi les procédures de suivi des progrès agroenvironnementaux réalisés dans le secteur.

Équipe de salubrité et qualité des aliments
L'équipe de salubrité et de qualité des aliments travaille à minimiser les risques et les conséquences des dangers d'origine alimentaire pour l'humain, à faire augmenter la confiance des consommateurs et à accroître la capacité du secteur de répondre aux besoins du marché en matière de produits alimentaires, et même d'en offrir davantage.

Équipe de l'Innovation/science
La mission de l'équipe de l'innovation/science est d'améliorer la compétitivité du secteur agricole et alimentaire au Canada par la mise au point et le transfert de technologies novatrices. L'équipe donne au secteur agroalimentaire accès à de nouveaux systèmes de production, à des bios produits ainsi qu'à des stratégies permettant de bénéficier des possibilités qui se présentent et de gérer les changements.

Équipe du renouveau
L'Équipe de renouveau est déterminée à aider les producteurs à avoir recours à l'apprentissage continu et aux meilleures pratiques de gestion pour suivre le rythme de l'industrie de l'agriculture, cette industrie axée sur le savoir. L'Équipe vise l'amélioration des services de gestion et de consultation publics et privés, la gestion et les renseignements à caractère commercial, et l'offre d'outils et de services pour aider les producteurs à rentabiliser leur entreprise et à établir des réseaux pour mieux lier les progrès de la science à la création de nouveaux débouchés économiques.

Équipe des marchés et commerce
L'équipe des Marchés et commerce a pour sa part la mission d'accroître la reconnaissance, tant au pays qu'à l'étranger, de la capacité de chef de file de l'industrie canadienne de répondre aux demandes d'un marché international très segmenté et en constante évolution; de promouvoir les avantages du Canada comme milieu d'investissement; puis d'élargir l'accès de l'industrie nationale aux marchés étrangers afin de maximiser les avantages découlant de la réputation du Canada et augmenter la coopération des sciences en supportant les nouveaux marchés.

Équipes habilitantes

Équipe de gestion des biens
L'équipe de gestion des biens est responsable de la planification, de l'achat, de l'entretien et de l'aliénation des immobilisations et des biens meubles du Ministère; cela comprend l'élaboration de politiques, la gestion des contrats pour des biens et services, la planification et la construction de capitaux majeurs, la gestion du parc automobile ainsi que l'hébergement, locaux, biens immobiliers, sécurité et planification de la continuité des opérations, services environnementaux et écologisation des opérations internes. Cette équipe fournit également, dans des centres de recherche, des services financiers et en ressources humaines en collaboration avec les équipes des ressources humaines et des finances.

Équipe des communications et des consultations
Tel que le prévoit la Politique de communication du gouvernement du Canada, l'Équipe des communications et des consultations (ECC) d'Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) gère la publicité, les publications, les consultations, les recherches sur l'opinion publique, les communications internes et les relations avec les médias, ainsi que les programmes ministériels et les programmes d'expositions rurales. L'ECC est aussi chargée de gérer et de développer les sites Web du ministériels et internes.

L'ECC fournit des conseils en matière de planification et des conseils d'orientation stratégiques sur la communications des priorités du Ministère, sur l'élaboration de politiques, ainsi que sur la planification et la mise en œuvre de programmes, en plus d'assurer la coordination, la production et la diffusion de discours, de communiqués, de publications et de documents multimédias.

A cette fin, l'ECC met en œuvre diverses initiatives dans le but de sensibiliser le public au Cadre stratégique pour l'agriculture ainsi qu'au secteur de l'agriculture et de l'agroalimentaire.

Équipe des finances
L'équipe des finances appuie la gérance responsable des ressources ministérielles et la prise de décisions éclairées par la direction grâce à des renseignements, des conseils, des politiques et des services financiers opportuns, fiables et pertinents. L'équipe est chargée de surveiller le processus de gestion des ressources du Ministère, y compris l'établissement des budgets, les analyses des écarts, les prévisions et la recommandation de mesure correctives, au besoin. L'équipe des finances et le premier interlocuteur du Conseil du Trésor et du Ministère des Finances pour toutes les présentations au Conseil du Trésor et demandes de décrets en conseil. L'équipe des finances offre également un large éventail de services financiers, plus particulièrement dans le traitement des comptes débiteurs et créditeurs. Responsable de l'intégrité des vérifications financières du Ministère, l'équipe des finances surveille constamment les dépenses afin d'assurer le respect de toutes les politiques et directives principales

Équipe des ressources humaines
L'équipe des ressources humaines est chargée de la planification, de la gestion et du perfectionnement des ressources humaines d'AAC. C'est elle qui fournit les politiques, les programmes et les services de gestion des ressources humaines qui appuient le travail horizontal et permettent d'atteindre les objectifs du Cadre stratégique pour l'agriculture et les résultats commerciaux du Ministère.

Équipe des systèmes d'information
L'équipe des systèmes d'information aide le Ministère à atteindre ses objectifs en lui fournissant le savoir-faire et le soutien nécessaires en matière d'outils technologiques, de systèmes de gestion des documents électroniques, de portails, de stratégies de gestion des connaissances et de technologies de l'information, de gestion de contenu Web ainsi que de systèmes de veille stratégique.

Équipe de la gestion stratégique
L'Équipe de la gestion stratégique fournit des conseils, des services de coordination et des idées à l'échelle du Ministère pour appuyer la planification, la gestion et la reddition de comptes dans une structure de gestion et de responsabilisation intégrée qui comprend deux éléments clés : le Cadre de responsabilisation de gestion (CRG), qui permet une saine gestion des activités et des ressources ministérielles; la Structure de gestion des ressources et des résultats (SGRR) et l'Architecture d'activités de programmes (APP), qui permettent une prestation efficace de la politique, des programmes, des activités de recherche et des services Ministère. Responsabilités de l'Équipe de la gestion stratégique incluent la prestation du Rapport sur les plans et les priorités (RPP) et du Rapport ministériel sur le rendement (RMR) pour des rapport au Parlement, et la coordination de l'évaluation environnementale stratégique (EES) des projets de politiques et de programmes dans des Mémoires au Cabinet et des présentations

Équipe des politiques et planification
L'équipe des politiques et de la planification appuie l'élaboration de politiques intégrées par l'intermédiaire de la planification stratégique, de l'élaboration de politiques relatives à des questions à facettes multiples, de la liaison et de la recherche.

Équipe de prestation des programmes
L'équipe de prestation des programmes assure l'exécution efficace des programmes axés sur les clients par la conception et la mise en œuvre d'une gamme complète de programmes et de services nationaux venant appuyer le secteur agricole et agroalimentaire, de même que les collectivités rurales.

Agence canadienne du pari mutuel
L'Agence canadienne du pari mutuel (ACPM) est chargée de protéger les parieurs contre les pratiques frauduleuses et de contribuer à maintenir la viabilité de l'industrie des courses hippiques au Canada. L'ACPM est aussi chargée de vérifier quotidiennement toutes les activités de pari, de fournir des conseils spécialisés et d'effectuer des recherches dans les domaines de la photographie d'arrivée, du contrôle magnétoscopique, des systèmes du pari mutuel et du contrôle des drogues équines. En outre, elle maintient l'exactitude des calculs des paris à 99,9 %, assure une surveillance efficace du pari mutuel dans les limites des ressources provenant de la perception du prélèvement fédéral, fournit des services qui contribuent à renforcer l'image positive de l'industrie des courses et fait la promotion des services en question.

Bureaux ministériels

Équipe de vérification et d'évaluation
L'équipe de vérification et d'évaluation offre aux membres de l'Équipe ministérielle de vérification et d'évaluation des examen indépendants qui leur procureront l'assurance, l'information et les conseils nécessaires concernant l'efficacité et la rentabilité des politiques, des activités et des programmes ministériels.

Bureaux de direction
Les Bureaux de direction ont pour responsabilité de s'occuper des systèmes de correspondance, de breffage et d'établissement de l'emploi du temps du ministre, du sous-ministre du secrétaire d'État, et de la sous-ministre déléguée; il lui incombe également de se tenir au fait des grandes questions d'intérêt pour le Ministère et d'en rendre compte, d'assurer la liaison entre le Ministère et les Relations parlementaires et de dispenser des services de secrétariat au Conseil exécutif, Comité des opérations du Ministère, de même qu'à l'Équipe ministérielle de vérification et d'évaluation.

Équipe des services juridiques
L'équipe des services juridiques offre des renseignements et des conseils de nature juridique sur l'élaboration et la mise en œuvre de programmes, de politiques et d'activités du Ministère. L'équipe des services juridiques est composée d'avocats employés par Justice Canada et d'employés d'AAC.

Administration du rétablissement agricole des Prairies (ARAP)
L'Administration du rétablissement agricole des Prairies (ARAP) travaille avec les gens des Prairies à assurer la viabilité du secteur agricole et la durabilité de l'économie rurale. L'ARAP, de concert avec les autres paliers de gouvernement, les groupes agricoles, les producteurs et le secteur privé, met en œuvre des activités destinées à la protection des sols des Prairies, à l'aménagement et à la conservation des ressources en eau de la région et à la diversification grâce à de nouvelles cultures, à la transformation à valeur ajoutée et à d'autres activités productrices de richesses.

Secrétariats rural et aux coopératives
Le Secrétariat rural, établi au sein d'AAC, est le centre de coordination des enjeux stratégiques ruraux au sein du gouvernement du Canada. Son mandat consiste à faire des analyses et à fournir des conseils sur les questions touchant les régions rurales et éloignées, à faciliter la création de partenariats autour de priorités et d'enjeux propres aux milieux ruraux à faciliter le dialogue entre les intervenants du milieu et le gouvernement fédéral, ainsi qu'entre les gouvernements fédéral, provinciaux et territoriaux. Le Secrétariat aux coopératives travaille à la croissance économique et au développement de la société canadienne en favorisant l'établissement de partenariats entre le secteur coopératif et le gouvernement fédéral en vue d'assurer le développement de coopératives dans les secteurs prioritaires du gouvernement fédéral, dont le développement économique des régions et des communautés autochtones, de même que la prestation des soins de santé et l'agriculture à valeur ajoutée.