Conseil d'administration
Le conseil d'administration de l'Administration portuaire de Belledune est composé de sept administrateurs. Le gouvernement fédéral, le gouvernement provincial et le gouvernement municipal nomment chacun un administrateur au sein du conseil d'administration. Les 4 autres membres sont proposés par le comité de nomination de l'Administration portuaire de Belledune puis nommés par le ministre. Le conseil d'administration élit, parmi les administrateurs, un président et un vice-président.

Finances
Le département des finances veille à la gestion de la comptabilité générale, des finances et de la trésorerie, du service informatique, des ressources humaines ainsi que des achats et des approvisionnements.

Opération
Le département de l'opération est responsable des services d'ingénierie et d'environnement, de l'entretien, de la capitainerie et des services de sécurité.

Président-directeur général
À titre de directeur général, le premier dirigeant s'acquitte des tâches que lui confient la Loi, les Règlements, les Lettres patentes et les règlements administratifs. En tant que responsable de l'institution, il est à la tête d'une équipe de gestionnaires formés d'un directeur des opérations et d'un directeur des finances et de l'administration.