L'autorité et la responsabilité de pourvoir aux exigences de la Loi sur l'Administration du pont Blue Water relèvent du Conseil d'administration composé de quatre membres qui rend compte au ministère des Transports du Canada. Le président du Conseil d'administration est nommé par le Gouverneur en conseil et les trois autres membres sont nommés par le ministre des Transports, pour un mandat d'une durée établie selon la Loi sur l'APBW et la Loi sur la gestion des finances publiques. Le président-directeur général est en charge de toutes les activités opérationnelles de l'APBW; il est également nommé par le Gouverneur en conseil.

Activités opérationnelles
Cette division gère la collecte des péages, le contrôle de la circulation et les patrouilles de sécurité. Elle assure également la surveillance des véhicules pour vérifier leur conformité aux politiques de transport de produits dangereux, de charges surdimensionnées ainsi qu'aux programmes fédéraux comme le Programme d'expéditions rapides et sécuritaires (EXPRES) et NEXUS. Elle est également chargée des procédures d'urgence en cas de désastres naturels, d'accidents ou de déversements.

Entretien et gestion des installations
Cette division est chargée d'effectuer les inspections annuelles des ponts, y compris, conformément aux règlements de sécurité, celles des systèmes d'amortisseur de chutes. Elle est également en charge de l'entretien systématique des structures du pont, de la plaza, des immeubles et des propriétés, ainsi que des services de nettoyage et d'entretien, d'aménagement paysager et de déneigement. Les équipements sur l'Administration du pont Blue Water sont également inspectés tous les ans, y compris les dispositifs d'encaissement automatiques, les barrières et les systèmes informatiques de la zone des péages.

Finance et comptabilité
Cette division est en charge de l'intégrité des états financiers de l'Administration du pont Blue Water et rend compte au Conseil d'administration au sujet du rendement financier de l'organisme. Elle gère les recettes quotidiennes et les demandes de financement des projets; elle exécute les programmes d'investissements à court et à long terme; elle planifie et coordonne le processus budgétaire et contribue à l'élaboration du plan directeur de l'APBW.

Gestion des projets
Cette division est chargée de l'étude des projets de mise en valeur des terres et de la sensibilisation du public à ce sujet. Elle assure la gestion des projets d'immobilisations ainsi que l'étude et la direction des questions relatives aux propriétés, y compris l'élaboration et la mise en œuvre du plan directeur.

Planification stratégique
Cette division aide le Conseil d'administration et le personnel de l'Administration du pont Blue Water à établir l'orientation stratégique de l'Administration. Elle effectue l'analyse globale, dirige l'établissement des objectifs stratégiques et aide à élaborer les stratégies, les tactiques et les plans d'action destinés à réaliser ces objectifs. Elle surveille et s'adapte aux lois et aux règlements externes affectant l'Administration.

Programme du bureau de change
Le bureau de change fournit des services tels que l'échange de numéraires, ainsi que l'achat de mandats et de chèques de voyage. Ce programme est investi de la responsabilité de conformité avec l'ensemble des lois fédérales liées au change de devises, y compris la Loi sur le recyclage des produits de la criminalité et le financement des activités terroristes (LRPCFAT).

Relations avec les Premières Nations
Cette division est chargée de bâtir des relations permanentes avec la Première Nation Aamjiwnaang, afin de partager la gérance du patrimoine autochtone et la richesse archéologique qui existent dans les environs du pont. Un Protocole d'entente entre les parties a été signé pour traiter de tout un éventail de questions importantes, y compris les protocoles relatifs aux activités archéologiques, à la découverte de dépouilles humaines et au rapatriement d'artefacts, les programmes de sensibilisation du public, les occasions commerciales de la Première Nation et l'érection d'un monument commémoratif.

Ressources humaines
La division des Ressources humaines comprend l'organisation et la gestion du personnel du service. Elle est en charge du maintien des politiques administratives internes et de la fourniture des services suivants : acquisition du savoir, dotation du personnel, santé, formation, rémunération, paye et avantages sociaux, documentation, questions linguistiques et organisationnelles. Ces questions concernent les membres de l'Administration du pont Blue Water ainsi que les membres de l'Alliance de la Fonction publique du Canada employés par l'organisme.

Santé et sécurité au travail
Cette division est chargée d'assurer la mise en œuvre de conditions minimales de santé et de sécurité dans tous les lieux de travail de l'Administration du pont Blue Water, conformément à la section II du Code canadien du travail. Le programme de santé et sécurité au travail aide les gestionnaires et les employés à gérer les risques sur les lieux du travail, y compris notamment la reconnaissance, l'évaluation et l'élimination ou la réduction des risques liés au travail. Le résultat final attendu est une amélioration globale des conditions de travail, avec une diminution des accidents du travail et des maladies professionnelles, ainsi que des coûts associés.

Sécurité
Cette division est chargée de l'élaboration, du contrôle et de la coordination de la mise en œuvre des politiques, des procédures et des améliorations à l'infrastructure, en vue de protéger les environs du pont contre les activités criminelles. Elle assure également la sécurité des structures, des employés et des usagers de la plaza. Elle surveille et s'attaque continuellement aux problèmes de terrorisme et d'activités criminelles locales; elle s'occupe du plan de mesures d'urgence en cas de catastrophe; et elle assure la liaison avec les services de maintien de l'ordre et de renseignements du Canada et des États-Unis.

Statistiques de circulation et tarifs de péage
Cette division aide l'Administration du pont Blue Water à élaborer les statistiques de circulation, en vue d'établir des prévisions de croissance future et d'évaluer les répercussions de cette croissance prévue sur l'infrastructure et sur les projets de développement définis dans le plan directeur. De plus, elle aide l'APBW, les commerces locaux et l'industrie transnationale à mesurer les niveaux d'activités touristiques, commerciales et économiques de la région. Les tarifs de péage sont établis par l'APBW avec l'approbation du ministre des Transports.