La société Les Ponts Jacques Cartier et Champlain Incorporée a été constituée le 3 novembre 1978 en vertu de la Loi sur les sociétés par actions de régime fédéral. Depuis ce jour, la Société est responsable de la gestion, de l'entretien et du contrôle des ponts Jacques-Cartier et Champlain et d'une section de l'autoroute Bonaventure. Cette responsabilité incombait auparavant au Conseil des ports nationaux. Depuis le 1er octobre 1998, Les Ponts Jacques Cartier et Champlain Incorporée relève de La Société des ponts fédéraux Limitée et assume la gestion, l'entretien et le contrôle de la section fédérale du pont Honoré-Mercier, et du tunnel de Melocheville. Le 2 décembre 1999, la gestion de l'Estacade du pont Champlain a été transférée à la Société.