La Société a un Conseil d'administration de même qu'un Comité directeur, un Comité de vérification, un Comité de gestion des risques, un Comité des Ressources humaines et un Comité de suivi dans le cadre du projet de remplacement du tablier du pont Honoré-Mercier. La structure organisationnelle de la Société est constituée d'un Directeur général et des services suivants : Affaires juridiques et approvisionnement, Construction et gestion de projets, Finances et administration, Ingénierie, Opérations et entretien et Ressources humaines.

Affaires juridiques et approvisionnement
Ce service est chargé de fournir et d'obtenir des avis juridiques sur tous les sujets ayant des incidences légales pour la Société. Il est responsable de l'élaboration des directives, de la préparation ou la révision de tout document juridique impliquant la Société et de la gestion des baux et des permis émis par la Société. Il est également responsable des appels d'offres lancés par la Société pour les contrats de construction et d'ingénierie.

Construction et gestion de projets
Ce service gère la réalisation des travaux majeurs de construction et de réfection sur les structures de la Société. Il s'assure, entre autre, de la conformité des travaux en termes de qualité, de coûts de réalisation, de sécurité sur les chantiers et de respect de l'environnement.

Finances et administration
Ce service est responsable des activités de la comptabilité, de la planification financière et de la trésorerie. Il assure la bonne utilisation des fonds et des actifs de la Société, prépare et/ou supervise la production des budgets, des états financiers et du plan d'entreprise. Il planifie le financement de projets majeurs et effectue des placements à court terme. Il est également responsable de la gestion de l'information administrative et des systèmes informatiques de la Société.

Ingénierie
Ce service est responsable de la coordination et du suivi des inspections annuelles des ouvrages de la Société et de la planification des travaux qui en découlent. Il voit à la réalisation et à la gestion des contrats de services professionnels visant les études d'avant projet, la conception et la préparation des dessins et devis en vue des appels d'offres pour les projets d'entretien majeur.

Opérations et entretien
Ce service est responsable des travaux d'entretien régulier sur les structures de la Société. Il supervise les activités reliées à la gestion de la circulation et gère, entre autre, les contrats de déneigement, nettoyage de la chaussée, coupe du gazon et le contrat de services policiers avec la Sûreté du Québec sur les ponts Jacques-Cartier et Champlain, l'autoroute Bonaventure et l'estacade du pont Champlain.

Ressources humaines
Ce service est responsable de la gestion des ressources humaines dont la dotation et la rémunération, l'administration des avantages sociaux et du régime de retraite, la formation et le perfectionnement du personnel, les relations de travail et la négociation des conventions collectives. Il est également responsable de la santé et la sécurité au travail.