Tel que le prévoit le Code, l'équipe décisionnel du Conseil se compose du président, d'au moins deux vice‑présidents nommés à temps plein (en ce moment cinq vice-présidents à temps plein et deux à temps partiel) et d'un maximum de six membres nommés à temps plein, dont trois représentent les employés et trois les employeurs (en ce moment six à temps plein), et des membres à temps partiel (représentant, à nombre égal, les employés et les employeurs) nécessaires pour assister le Conseil dans l'exercice de ses fonctions. Tous sont nommés par décret : le président et les vice‑présidents sont nommés pour des mandats de cinq ans; les membres, pour des mandats de trois ans.

Le président est le premier dirigeant du Conseil dont il dirige et supervise les activités en vertu Code, notamment en ce qui a trait à : l'attribution et la réattribution aux bancs des affaires dont le Conseil est saisi; la composition des bancs et la désignation des vice-présidents chargés de les présider; la détermination des dates, heures et lieux des audiences; la conduite des travaux du Conseil; la gestion des affaires internes du Conseil; et les fonctions du personnel du Conseil. L'administration centrale du Conseil se trouve dans la région de la capitale nationale. L'appui au Conseil est assuré par le directeur exécutif, qui relève directement du président. Le directeur exécutif est responsable des activités régionales, de la gestion des affaires, des services à la clientèle et de la gestion intégrée, des services financiers ainsi que des ressources humaines. Les services juridiques fournissent de l'aide juridique aux membres du Conseil et aux différents services de ce dernier sur demande et l'avocat général relève directement du président du Conseil.

Le Conseil a également cinq bureaux régionaux situés à Dartmouth, Montréal, Ottawa, Toronto et Vancouver, avec un bureau satellite à Winnipeg. Ces bureaux sont dotés de professionnels des relations du travail et d'équipes chargées de la gestion des affaires. Chaque bureau régional est dirigé par un directeur régional qui relève du directeur exécutif à Ottawa.