Bien que d'autres ministères contribuent à la gestion des activités du Canada associées aux eaux, le ministère des Pêches et des Océans met l'accent sur l'eau et les ressources qu'elle contient. Le Ministère s'occupe de toutes les questions touchant les océans qui ne sont pas assignées à d'autres ministères par la loi. La portée de ses fonctions et la mesure dans laquelle elles sont exercées par le gouvernement fédéral ont été déterminées par des interprétations judiciaires, des ententes avec les provinces et l'évolution des politiques gouvernementales.

En résumé, les fonctions du Ministère sont les suivantes :

Élaboration des programmes pour le réseau de transport par eau et les services contribuant au déroulement sûr, efficace et économique des activités maritimes, protection du milieu marin dans les eaux canadiennes et, s'il y a lieu, mise au point, exploitation et entretien d'éléments particuliers du réseau de transport maritime.

Recherche scientifique touchant l'évaluation des stocks et les exigences en matière de conservation des ressources, la réglementation et le développement de l'aquaculture, la production primaire, l'océanographie physique et la limnologie (étude des eaux douces), les levés hydrographiques et cartographiques, les problèmes environnementaux, le comportement et les effets des contaminants marins, l'administration de diverses lois fédérales, ainsi les règlements et politiques visant la conservation et la protection de l'habitat aquatique. Évaluation et plan de rétablissement pour les espèces en péril; application d'une approche écosystémique; gestion intégrée des activités dans les océans.