Le mandat du ministère comporte cinq grands champs d'activité administrés par des sous-ministres adjoints (SMA) qui sont chargés de la formulation générale des politiques, de la planification stratégique et opérationnelle, des ressources, des services scientifiques et techniques, et de l'orientation fonctionnelle des directeurs généraux régionaux dont la tâche est de veiller à la prestation des programmes.

Sous‑ministre
Conformément à l'article 3 de la Loi sur le ministère des Pêches et des Océans, le sous‑ministre des Pêches et des Océans est l'administrateur général du Ministère. Le Cabinet du sous‑ministre élabore, coordonne et met en oeuvre le programme ministériel, conformément aux pouvoirs et fonctions définis à l'article 4 de la Loi, et apporte un soutien administratif aux sociétés d'État qui relèvent du Ministre. L'atteinte des objectifs des programmes est assurée par un sous‑ministre délégué (SM délégué) et cinq sous‑ministres adjoints (SMA) en place à l'Administration centrale, à Ottawa (Ontario), et par six directeurs généraux régionaux (DGR) en place dans les divers bureaux régionaux au pays. En plus du SM délégué, des SMA et des DGR, le directeur général des Communications, le directeur général du Secrétariat exécutif et l'avocat général aussi directement du sous‑ministre.

Le Secrétariat exécutif fournit des services aux cabinets du ministre, du sous-ministre et du sous-ministre délégué. Le Secrétariat exécutif fournit à la Direction du Cabinet et des affaires parlementaires des avis et des notes d'information sur les questions relatives aux politiques et il coordonne les documents d'information pour la période des questions; il assure la liaison avec le cabinet du ministre; il gère la correspondance qui est adressée au ministre et au Ministère et les processus connexes; il s'occupe des questions liées à l'accès à l'information et à la protection des renseignements personnels et il remplit d'autres fonctions administratives connexes.

La direction des Communications regroupe des spécialistes du Ministère qui fournissent toute une gamme de produits, stratégies, conseils et services de communications internes et externes.

Avocat général - Des services juridiques du ministère de la Justice sont rattachés au MPO pour fournir des conseils juridiques sur toutes les questions qui touchent le fonctionnement et l'administration du Ministère.

La Direction générale de la vérification et de l'évaluation (DGVE) s'acquitte des fonctions d'évaluation et de vérification interne au sein du Ministère et assure la liaison dans le cas des vérifications effectuées par le Bureau du vérificateur général. La DGVE est aussi responsible de la mise en oeuvre de la gestion intégrée du risque au sein du Ministère.

Le DG, Ressources humaines est responsable de fournir des conseils, des services et de la formation en matière de poliques et de procédures aux gestionnaires et aux employés sur l'organisation et la classification, planification des ressources humaines, planification de la relève, apprentissage et développement professionnel, gestion du rendement, dotation et recrutement, équité et diversité en emploi, langues officielles, relations de travail, indemnités, systèmes de gestion des ressources humaines, prix, récompenses et attestations de reconnaissance, et programmes de stages de gestion et d'affectations de perfectionnement/carrières.

Sous-ministre délégué
Le sous-ministre délégué aide le sous-ministre à gérer tous les aspects des activités du Ministère. Dans ce contexte, le SM délégué assure le leadership de diverses initiatives spéciales, particulièrement dans des domaines prioritaires, à la demande du sous-ministre. Ces fonctions particulières touchent : les processus de planification des immobilisations, que le SM délégué aide à superviser à titre de président du Conseil de gestion des investissements du Ministère; la gestion du risque juridique, dont s'occupe le SM délégué à titre de président du Comité des litiges du Ministère; l'aquaculture, que le SM délégué aide à superviser à titre de président du Sous-comité de l'aquaculture du Comité de gestion du Ministère; diverses initiatives liées à la modernisation des ressources humaines, par exemple la supervision et la gestion du programme de mentorat du Ministère, la stratégie d'apprentissage et de perfectionnement des employés, de même que l'initiative sur la santé et le bien-être en milieu de travail.

Le SM délégué est également directement responsable du Centre de valeurs, de l'intégrité et de la résolution de conflits (VIRC). Ce bureau propose aux employés du Ministère un mécanisme non accusatoire pour les aider à composer avec les conflits ou conflits potentiels dans leur milieu de travail. Il assure aussi les fonctions de divulgation que prévoit la Politique sur la divulgation interne d'information concernant des actes fautifs au travail du Conseil du Trésor.

Services intégrés
Le SMA, Services intégrés assure la direction administrative, la coordination et l'administration intégrée à l'appui des objectifs des programmes. Le secteur est responsable du service suivant :

Finances et Administration - Ce service fournit des conseils et services dans les domaines de la gestion des ressources, de la planification financière, de la comptabilité et de l'établissement des rapports, des politiques et des systèmes, des contrats et des acquisitions, de la gestion des biens (à l'exclusion des ports pour petits bateaux, ou biens immobiliers).

Gestion stratégique - Ce service mène et facilite les initiatives du plan intégré d'activités, et fournit des services de soutien consultatif au Ministère en vue de la détermination, de l'analyse et de la résolution des problèmes stratégiques liés aux questions d'administration, de gestion et de gouvernance à l'échelle du Ministère.

Gestion de l'information et Services de technologie - Ce service fournit des conseils et services dans les domaines du développement des applications, de la gestion de l'information et des données (y compris les bibliothèques), du traitement informatique et des télécommunications, soutien informatique, réseaux électroniques et sécurité de TI.

La direction générale des biens immobiliers, protection et sécurité (BIPS) fournit des conseils et des services dans le domaine de la gestion des biens immobiliers, le désaisissment, la coordination environnementale et de la protection et sécurité selon un cadre global conçu pour gérer et améliorer l'exécution ministérielle conformément aux statuts politiques et règlements fédéraux applicables.

Bureau de coordination de l'environnement - Le Bureau met en œuvre un régime de gestion de l'environnement conçu pour assurer la gestion et améliorer la performance du Ministère en matière d'environnement conformément aux lois et règlements du gouvernement fédéral.

Ports pour petits bateaux - exploite et maintient un système national de ports afin d'offrir aux pêcheurs commerciaux et à d'autres usagers des ports des installations sûres et accessibles. Le Programme des ports pour petits bateaux (PPPB) offre un réseau durable de quelque 750 ports de pêche essentiels qui sont gardés en bon état et qui sont exploités et gérés par des administrations portuaires (AP) locales qui représentent les intérêts des usagers et des communautés. PPPB est responsable de disposer des ports de plaisance en les transférant aux communautés locales et en adoptant des mesures de rationalisation pour réduire le nombre de ports de pêche abandonnés ou à faible activité.

Programme d'approvisionnement en appâts de Terre‑Neuve (PAATN) - Ce programme d'approvisionnement en poisson-appâts est unique à Terre-Neuve et Labrador. Ce programme vise à offrir une fonction d'achat et de vente de poisson-appâts à partir de 15 emplacements à l'échelle de la province. Le fondement juridique de ce programme est établi par les Conditions de l'union de Terre‑Neuve au Canada. Présentement, Pêches et Océans Canada est propriétaire des installations et les entrepreneurs du secteur privé sont chargés de la gestion des installations et de la prestation quotidienne des services.

Gestion des pêches et de l'aquaculture
Le SMA, Gestion des pêches et de l'aquaculture, est responsable des services suivants :

Politique et gouvernance autochtones - Ce service élabore les politiques en matière de pêches autochtones, gère la stratégie des pêches autochtones ainsi que l'initiative des pêches commerciales intégrées de l'Atlantique, le programme de gestion autochtone des ressources aquatiques et des océans, et négocie les dispositions sur les pêches dans les ententes de règlement des revendications en matière du mandat du MPO.

Ce secteur coordonne la chasse aux phoques annuelle.

L'Office d'appel de l'Atlantique et l'Office du Pacifique concernant les permis et licences de pêche sont les deux instances auxquelles peuvent avoir recours les pêcheurs qui sont insatisfaits des décisions et de la politique de gestion des permis et des licences de pêche du ministère des Pêches et de Océans du Canada.

Conservation et Protection - Ce service veille à l'observation des lois, des politiques et des programmes au soutien de la conservation et de ressources halieutiques durables par l'entremise de programmes d'information et d'application des règlements dans les eaux maritimes et non maritimes sauf en Ontario, au Québec et dans les provinces des Prairies. Les plans, politiques, programmes et règlements de gestion des pêches assurent la durabilité des stocks et une répartition équitable des surplus exploitables.

Élaboration d'une politique sur les pêches - Le Programme de révision de la politique sur les pêches de l'Atlantique (RPPA) a été établi en vue d'élaborer un cadre stratégique, uniforme et intégré pour la gestion des stocks de poissons sur la côte est du Canada. Ce programme se déroule en deux phases : la phase I permet d'établir un cadre stratégique à long terme, mission qui est exécutée. La phase II permet d'établir les priorités et doit rendre opérationnels les éléments du cadre stratégique élaborés dans la phase I. Des travaux seront également entrepris pour établir un cadre stratégique national pour les pêches.

Affaires internationales - Ces services assurent la conduite des relations internationales afin de promouvoir les intérêts du Canada en matière de conservation des ressources halieutiques et font valoir ces intérêts à l'égard des stocks de poisson gérés au niveau international. Cela comprend la négociation et l'administration de traités et d'accords internationaux relatifs à la conservation, les allocations, l'entretien de relations bilatérales et multilatérales en matière de pêches avec d'autres pays, le règlement des enjeux découlant de différends sur les frontières maritimes, ainsi que la formulation et la présentation d'avis au Ministre sur des dossiers internationaux concernant la conservation et la répartition des ressources halieutiques.

Garde côtière canadienne – Relations internationales – L'Organisme contribue, au moyen de ces services, à l'avancement des intérêts du Canada en collaborant avec d'autres organisations internationales à l'élaboration de règles, règlements, politiques et technologies visant à assurer la sécurité et la sûreté du transport maritime sur les voies navigables du monde. Ces services contribuent aussi à la réalisation de la priorité du gouvernement du Canada visant à établir des relations multilatérales et bilatérales plus fortes avec les partenaires et alliés internationaux du Canada. LaGarde côtière canadienne entretient notamment un partenariat complet de travail avec la Garde côtière des États-Unis au moyen d'exercices, d'opérations, de planification et de prestation de services conjoints aux clients et intervenants communs aux deux organisations.

Délivrance des permis - Ce service règlemente la participation et l'accès aux pêches de façon à assurer que les prises respectent les limites de conservation, et favorise la viabilité économique.

Programmes de pratique de pêche responsable - Ces programmes contribuent à la conservation des stocks de poisson en favorisant la mise au point et l'utilisation de méthodes de pêche sélective par l'industrie.

Office de commercialisation du poisson d'eau douce - L'Office fournit au Ministre, sur une base continue, des conseils et des analyses relativement aux activités et au mandat de cette société d'État. Le Ministère coordonne annuellement l'élaboration du plan d'activité et des budgets d'immobilisations et de fonctionnement de cette société, ainsi que leur approbation par le Conseil du Trésor et le ministère des Finances.

Direction générale de la gestion de l'Aquaculture (DGGA) - La DGGA orientera les stratégies ministérielles dans le dossier de l'aquaculture. Elle favorisera l'établissement d'un environnement réglementaire pour permettre à l'industrie de réaliser des gains durables. Elle maintiendra une collaboration poussée avec les partenaires fédéraux et provinciaux par l'entremise du Conseil canadien des ministres des pêches et de l'aquaculture et de son groupe de travail sur l'aquaculture et avec d'autres mécanismes fédéraux provinciaux, pour permettre une réponse gouvernementale intégrée aux priorités et aux besoins émergeants de l'industrie et de l'aquaculture comme l'innocuité des aliments, la capacité de retracer les éléments, la gestion des risques au niveau administratif et la santé des animaux aquatiques. Elle permettra d'établir des mécanismes permettant de communiquer avec les intervenants du secteur de l'aquaculture, de tenir compte de leurs préoccupations, et de contribuer à un dialogue avec le public et à rehausser le niveau de confiance de ce public et des consommateurs en procurant de l'information technique sur les défis et les possibilités dans le domaine de l'aquaculture. Elle participera à des colloques internationaux sur les politiques et les recherches dans le domaine de l'aquaculture en vue de communiquer le savoir-faire et les valeurs du Canada, et de maintenir le rôle de premier plan de notre pays dans le domaine du développement durable.

Garde côtière canadienne (GCC)
Le commissaire de la Garde côtière canadienne, chef de l'Organisme, relève directement du sous-ministre.

Le Bureau du commissaire est responsable des services suivants :

Déglaçage et activités dans l'Arctique - Ces services fournissent, exploitent et entretiennent des brise-glaces, des installations ainsi que des services connexes, administrent un programme d'information d'acheminement, de gestion des glaces, d'escorte de navires et d'ouvertures de ports, aident d'autres ministères et organismes à assurer une circulation maritime sûre et efficiente dans les eaux envahies par les glaces, assurent le ravitaillement des agglomérations du Nord lorsque les transporteurs commerciaux ne sont pas disponibles, soutiennent d'autres activités maritimes connexes du gouvernement, y compris le maintien de la souveraineté dans l'Arctique canadien, et appliquent un programme visant à atténuer les effets des inondations causées par les embâcles dans le cours supérieur du fleuve Saint‑Laurent.

Services à la navigation maritime - Ces services fournissent, exploitent et entretiennent à la fois un système conventionnel et électronique d'aides à la navigation de courte et de longue portée, les phares majeurs ainsi que les Avis aux navigateurs, supervisent les systèmes privés d'aides à la navigation, fournissent des services d'information sur la sécurité publique et assurent la gestion des voies navigables.

Services de communication et de trafic maritimes - Ces services fournissent des services de communication et de trafic à la communauté marine et à la population en général. Ils assurent la détection des situations de détresse ainsi qu'une aide en temps opportun et la radiodiffusion de renseignements liés à la sécurité maritime. Ils protègent le milieu marin et favorisent le mouvement efficace des navires à l'aide de systèmes de gestion du trafic dans les eaux extracôtières, côtières, fluviales et portuaires. Par le biais du contrôle des navires, ces services empêchent les navires dangereux de pénétrer dans les eaux canadiennes. Ils fournissent un soutien aux entreprises, aux autres ministères et aux intérêts nationaux au moyen d'un système de gestion de l'information maritime, et fournissent un système de correspondance publique dans le but de faciliter les communications radio navire-terre pour le secteur privé et les activités de la flotte.

Soutien technique intégré – En tant qu'autorité technique nationale de la GCC, la Direction générale du STI est non seulement responsable de la conception de tous les biens physiques de la GCC, mais aussi du soutien matériel efficient et efficace de ces biens tout au long de leur durée. Ces biens comprennent les navires, les aides à la navigation et les systèmes de communication, de navigation, de surveillance et d'information qui permettent de fournir des services aux programmes et clients extérieurs de la GCC et du MPO. Les responsabilités de la Direction générale du STI englobent la gestion des affaires du programme technique de la GCC, la gestion des projets d'acquisition ainsi que l'établissement et le maintien des normes et des processus propres à l'ingénierie, à la gestion du cycle de vie du matériel et au soutien logistique intégré.

Sauvetage et intervention environnementale - Ce service assure une capacité de recherche et sauvetage en mer dans la zone de compétence du Canada, telle que définie en vertu des ententes de l'Organisation maritime internationale, ainsi que dans les eaux canadiennes des Grands Lacs et du réseau hydrographique du Saint‑Laurent. Il assure la recherche et l'apport d'une aide aux personnes, navires et autres embarcations, qui semblent être en détresse ou menacés d'un danger imminent, effectue la promotion de la sécurité auprès de la population afin de minimiser les pertes en vies humaines et les blessures ainsi que les pertes matérielles, assure la planification d'urgence et l'intervention environnementale afin d'éliminer la pollution en cas d'incident maritime, selon le principe de recouvrement des coûts, et assume un rôle de surveillance et de contrôle dans le cadre d'un partenariat entre le gouvernement et l'industrie prévoyant les mesures d'intervention en cas de déversement de pétrole.

Flotte - La flotte définit la politique nationale ainsi que les exigences de planification et fournit les fonctions de soutien du personnel professionnel et de gestion de la sécurité des navires et aéronefs de la Garde côtière canadienne utilisés pour soutenir les activités maritimes du Ministère et d'autres ministères, et pour assurer la sécurité et la souveraineté des citoyens du Canada.

Collège de la Garde côtière - Le Collège prépare les élèves-officiers à une carrière au sein de la Garde côtière par l'entremise de son programme de formationd'officiers (PFOGCC), assure la formation en recherche et sauvetage, en intervention environnementale, en services de communication et de trafic maritimes, en mécanique navale et en navigation. Le Collège assure aussi une formation par rapport au Système mondial de détresse et de sécurité en mer.

Depuis que la Garde côtière a obtenu son statut d'Organisme de service spécial, cinq (5) commissaires adjoints (CA), ainsi que le directeur administratif du Collège de la Garde côtière, relèvent maintenant directement du commissaire. Les CA travaillent en collaboration intime avec les directeurs généraux régionaux du Ministère.

Océans, Habitat et Espèces en péril
Le SMA, Océans et Habitat assure l'élaboration d'une approche ministérielle intégrée relativement aux responsabilités liées aux océans et aux eaux intérieures. Il est responsable des services suivants :

Direction générale de la gestion de l'habitat - En collaboration avec d'autres, la division de la Gestion de l'habitat travaille à la conservation et à la protection du poisson et de son habitat des impacts des activités menées dans les eaux douces et marines fréquentées par le poisson, ainsi qu'à l'amélioration (remise en état et mise en valeur) de l'habitat du poisson grâce à l'administration des dispositions relatives à la protection de l'habitat de la Loi sur les pêches, la formulation d'avis sur les dispositions associées à la Loiet l'applicationdes activités non réglementaires. La gestion de l'habitat comprend aussi la réalisation d'évaluations environnementales avant les décisions réglementaires prévues dans le Règlement sur les dispositions législatives et réglementaires désignées de la Loi canadienne sur l'évaluation environnementale (LCEE) et la participation à d'autres régimes d'évaluation environnementale. Ces activités sont menées conformément à la Loi sur les espèces en péril (LEP), à la Politique de la gestion de l'habitat du poissonet à d'autres politiques opérationnelles, aux exigences liées à la consultation des groupes autochtones, aux buts et aux principes en matière de développement durable ainsi qu'aux politiques et aux priorités du gouvernement fédéral.

Direction générale des océans - La gestion des océans comprend la conservation et l'utilisation durable des océans du Canada, en collaboration avec d'autres ordres de gouvernement, des organisations autochtones et d'autres organismes non gouvernementaux grâce à l'élaboration et à la mise en œuvre de plans de gestion intégrée des océans fondés sur les objectifs et à l'utilisation d'outils de conservation, y compris les aires marines protégées (AMP). Les arrangements modernes de gestion des océans doivent composer avec un certain nombre de défis : santé des océans, perte d'habitat marin, déclin de la biodiversité, demande croissante d'accès aux ressources océaniques, complexité de la réglementation et des compétences.

Espèces en péril – Le ministre des Pêches et des Océans est responsable d'administrer, par l'entremise des activités du Programme de gestion des espèces en péril, les dispositions de la Loi sur les espèces en péril(LEP)relatives à toutes les espèces aquatiques (d'eau douce et marines), y compris de mettre en oeuvre les mesures de conservation et de protection nécessaires en vertu de la LEP pour les espèces aquatiques inscrites à la liste des espèces sauvages en péril. Les espèces aquatiques comprennent les mammifères marins, les poissons et les espèces de plantes marines correspondant à la définition donnée dans la Loi sur les pèchesdu gouvernement fédéral.

La gestion des espèces en péril consiste à élaborer des stratégies de rétablissement, des plans d'action et des plans de gestion pour toutes les espèces aquatiques, à promouvoir le rétablissement des espèces marines et anadromes (migrant entre les eaux douces et salées) relevant de la compétence exclusive du gouvernement fédéral et à surveiller celles-ci de même qu'à promouvoir le rétablissement des espèces d'eau douces pour lesquelles certaines provinces ont des pouvoirs délégués bien précis de gestion des pêches en vertu des règlements découlant de la Loi sur les pêches.

La protection et la conservation des espèces en péril est une responsabilité conjointe des gouvernements fédéral, provinciaux et territoriaux. Par conséquent, la capacité et le niveau de coopération et de soutien dans chaque province peut avoir un impact important sur la mise en oeuvre de la LEP. En outre, les accords sur des revendications territoriales dans les territoires ont entraîné la création de conseils de gestion de la faune, qui partagent des responsabilités de gestion des espèces en péril avec les gouvernements. Il est essentiel qu'il y ait coopération entre et au sein des ordres de gouvernement pour que la mise en oeuvre des stratégies de rétablissement et des plans d'action soit couronnée de succès.

Politiques
Le SMA, Politiques, est chargé d'assurer la cohérence des politiques et d'offrir un encadrement stratégique au niveau des priorités politiques à l'intention des autres secteurs, et des conseils aux autres ministères et gouvernements sur des dossiers particuliers.

Le SMA, Politiques est responsable de la direction générale de l'Analyse économique et des Statistiques (AÉS). AÉS réalise des analyses économiques et statistiques, en plus d'offrir des conseils et un soutien dans des dossiers variés touchant la pêche et les océans, tant au niveau domestique qu'international, incluant les droits de permis pour la pêche commerciale, les questions économiques en rapport avec les océans, ainsi que sur les répercussions possibles des décisions dans le domaine de la gestion des pêches à l'échelle nationale et internationale. AÉS constitue le centre d'expertise qui s'occupe de la gestion et la diffusion des statistiques du ministère touchant la pêche, l'aquaculture et le commerce.

Politique internationale et Intégration (PII) est chargé de gérer tous les aspects de la politique internationale et de l'intégration à Pêches et Océans Canada (MPO). Ce volet comprend l'analyse, l'élaboration et la mise en œuvre de politiques internationales. Cette direction générale est plus précisément responsable de la mise enœuvre de la Stratégie de gouvernance internationale (un cadre intégratif dans lequel on établi un lien entre les politiques, la science, la gestion des pêches, la biodiversité, la diplomatie et les efforts de défense, ainsi que les communications), la politique sur la pêche internationale, le développement commercial et des entreprises à l'échelle internationale, la politique internationale sur les océans et la biodiversité, ainsi que les activités de recherche et d'analyse dans le domaine des politiques à l'échelle internationale. Cette direction générale est également chargée de définir les positions et les priorités du ministère en ce qui concerne les politiques internationales et les programmes du ministère d'un point de vue stratégique, sans compter qu'elle doit offrir des conseils et des recommandations politiques de haut niveau aux cadres supérieurs du MPO et au Ministre, en plus de jouer un rôle de chef de file dans le cadre de l'élaboration des politiques internationales dans le but de faire avancer de façon générale le programme international du Canada.

La gouvernance agit à titre de centre de compétences à l'appui de l'élaboration de nouveaux modèles de gouvernance dans des domaines appelés à changer; conseille le Ministère sur les questions générales de gouvernance qui touchent les programmes et le mandat du MPO.

Législation et affaires intergouvernementales dirige l'élaboration d'instruments législatifs et réglementaires à l'appui de la pêche de l'avenir et d'autres priorités du Ministère et du gouvernement, telle que la directive cohérente visant à rationaliser les règlements, l'initiative sur la réglementation intelligente, à des fins de renouvellement et d'accroissement du rendement; analyse les politiques et la réglementation à l'appui de projets législatifs dirigés par d'autres secteurs, notamment les modifications aux règlements de la Loi sur les Océans, et de la Loi sur les pêches; joue un rôle de direction en matière d'élaboration sur des ententes fédérales-provinciales-territoriales et d'autres mécanismes visant à rehausser la coopération intergouvernementale, dont le Conseil canadien des ministres des pêches et de l'aquaculture, le Conseil des ministres des pêches et d l'aquaculture de l'Atlantique, et le Conseil des ministres des pêches et de l'aquaculture de Pacifique; et élabore des politiques relativement aux pêches en eaux douces, aux espèces aquatiques envahissantes, à l'aquaculture, aux océans, aux espèces aquatiques en péril, aux pêches récréatives et à la professionnalisation des pêcheurs.

Priorités et planifications stratégiques dirige une approche coordonnée en matière d'élaboration des priorités stratégiques et des questions de politique à facettes multiples, élabore des mécanismes et des processus afin de promouvoir la coopération intersectorielle dans le cadre de l'élaboration des initiatives de politique (p. ex., Comité d'intégration des politiques), dirige le processus de planification stratégique du Ministère, favorise une approche ministérielle intégrée en matière de planification et de production de rapports, procure des outils et des ressources au soutien de la planification stratégique (tels des examens environnementaux annuels), coordonne et soutient les journées de réflexion du Comité de gestion ministériel.

Sciences
Pêches et Océans Canada (MPO) est un ministère à vocation scientifique, et la sous-ministre adjointe (SMA) des Sciences veille à l'établissement des meilleures données scientifiques qui soient en prévision de l'élaboration des politiques, des règlements et des lois. Les fonctions principales du Secteur des sciences du MPO sont la recherche; la surveillance; la prestation d'avis; la gestion des données et de l'information; et la prestation de données, de produits et de services. Ces fonctions soutiennent l'exécution de politiques et de programmes pour les activités canadiennes et les engagements internationaux. La SMA des Sciences travaille en étroite collaboration avec un directeur général principal du Renouvellement des sciences et les directeurs généraux de deux organisations scientifiques importantes : les Sciences des écosystèmes et les Sciences des océans-Service hydrographique du Canada (SOSHC). Le Comité national des directeurs des sciences, composé des directeurs susmentionnés et de six directeurs régionaux des Sciences, gère les activités du Secteur. Les directeurs régionaux des Sciences sont responsables des activités et des employés de 14 instituts, laboratoires et centres d'essai scientifiques. Le Secteur des sciences du MPO comporte également des centres d'expertise (surtout des centres virtuels) pour les domaines où des partenariats à l'interrne et à l'externe permettent d'obtenir des résultats dans le cadre de recherches à l'appui du programme national des Sciences. Le Renouvellement des sciences vise à créer un progamme sectoriel souple et adapté aux besoins pour donner suite aux priorités scientfiques en évolution du Ministère et du gouvernement fédéral. Ce programme tiendra compte des besoins des décisionnaires d'aujourd'hui tout en prévoyeant les besoins futurs et il permettra au Ministère de déterminer la manière de mobiliser le programme pour assurer la pertinence, l'efficacité, l'abordabilité et la valeur pour les Canadiens. Les activités des Sciences du MPO soutiennent les trois résultats stratégiques du Ministère, c'est-à-dire :

1. Voies navigables sûres et accessibles :

1.1 Produits de nagivation et services à la navigation maritimes - Le Service hydrographique du Canada (SHC) veille à la sécurité et à l'accessibilité des voies navigables canadiennes par la production de relevés ainsi que la mesure, la description et la cartographie des caractéristiques physiques des océans, des mers, des fleuves et des voies navigables intérieures. Il fournit égalemennt des données des produits et des services nautiques à jour, utiles et exacts aux citoyens, aux navigateurs et au gouvernment du Canada.

1.2 Sécurité, sûreté et souveraineté - La recherche et la surveillance océanographiques facilite la prévision des conditions océaniques (marées, courants, etc.) et nous donne un aperçu utile des impacts des changements climatiques sur la navigation. Les données et l'information hydrographiques servent également à appuyer les revendications territoriales et à régler les différends internationaux sur les limites et les frontières.

2. Pêches et aquaculture durables :

2.1 Ressources halieutiques – Grâce à la surveillance, à la recherche et à la gestion des données, les Sciences évaluent l'état des stocks (croissance, abondance, recrutement, répartition, migration etc.) et les objectifs de conservation de stocks de poissons et d'invertébrés et de populations de mammifères marins à l'appui de la gestion durable des ressources halieutiques. Cette information est présentée aux décisionnaires afin qu'ils prennent des décisions éclairées sur les niveaux de récolte durables et les négociations internationales concernant la gestion des stocks cheauchants.

2.2 Espèces aquatiques envahissantes – Les espèces aquatiques envahissantes représentent un grand danger pour la biodiversité aquatique, la santé des écosystèmes et les industries de la pêche et de l'aquaculture qui dépendent d'écosystèmes sains et productifs. L'objectif est de prévenir l'introduction et la propagation des espèces envahissantes. Les connaissances acquises dans le cadre d'activités scientifiques, comme la recherche sur les voies d'entrée, les modes de détection de nouvelles invasions, l'évaluation du risque, les mesures de contrôle ainsi que la surveillance des populations établies soutiennent l'élaboration de cadres de réglementation, le contrôle des espèces envahissantes connues et l'intervention rapide en cas de nouvelles introductions.

2.3 Santé des animauxaquatiques – Le suivi, la surveillance et la détection et sur les maladies d'importance nationales et internationale touchant les espèces aquatiques sauvages et d'élevage, ainsi que l'établissement de rapports à ce sujet, sont essentiels afin de prévenir les épidémies de maladies graves. Les connaissances acquises grâce aux études scientifiques éclairent la certification sanitaire des animaux aquatiques à l'appui du commerce du poisson et des fruits de mer canadiens et des responsabilités fédérales en vertu de la Loi sur la santé desanimauxet de la Loi sur les pêches.

2.4 Sciences aquacoles - Le Secteur des sciences joue un rôle important dans le soutien de la production aquacole durable. Les efforts des Scienes visent à améliorer la nutrition, la santé et la production du poisson et à mieux comprendre les interactions entre l'aquaculture et l'environnement. Les décisionnaires s'appuient sur ces connaissances pour élaborer des politiques et des lignes directrices concernant l'aquaculture et l'environnment. L'industie se fonde également sur ces connaissances pour adopter des pratiques aquacoles durables.

2.5 Génomique et biotechnologie – Les connaissances et l'application de celles-ci par la technologies sont essentielles à la promotion du développement durable des ressources aquatiques. L'utilisation d'outils de pointe en recherche génomique et en biotechnologie renforce la capacité du MPO de protéger les espèces en voie de disparition, de gérer l'ouverutre et la fermeture des pêches, d'éviter la surexploitation des ressources, de poursuivre les braconniers en justice, d'améliorer les pratiques aquacoles, de maîtriser les épidémies, d'assainir les sites contaminés et d'acquérir les connaissances nécessaires pour soutenir le réglementation et l'évaluation du risque lié aux organismes aquatiques à caractères nouveaux.

3. Écosystèmes aquatiques sains et productifs :

3.1 Habitat du poisson – Les activités, comme l'exploration, l'exploitation et la production pétrolière et gazière, la foresterie, l'exploitation minière, la production d'énergie hydroélectrique et l'agriculture, menées dans les milieux marins et dulçaquicoles ou à proximité de ces milieux peuvent avoir un impact sur le poisson et son habitat. Le transport à grande distance et l'introduction de source ponctuelle de contaminants et de substances toxiques constituent aussi une menage considérable pour les écosystèmes aquatiques et leurs ressources. Dans le cadre du programme des Sciences, des avis scientifiques sont formulés sur les impacts éventuels, les mesures d'atténuation, les risques et la réglementation à l'appui des pouvoirs de gestion de l'habitat accordés dan la Loi sur les pêches, la Politique de gestion de l'habitat du poisson, la Loi sur les espèces en péril, la Loi sur les océans, la Loi sur la protection des eaux navigableset la Loi canadienne sur l'évaluation environnementale.

3.2 Écosystèmes aquatiques – Compte tenu des utilisations multiples et parfois conflictuelles de l'océan, la gestion intégrée des ressources doit se fonder sur des avis scientifiques judicieux. Dans le cadre du programme des Sciences, les fonctionnaires fournissent des avis, des renseignements et des services de gestion des données pour soutenir la gestion intégrée des écosystèmes aquatiques assurée par le gouvernement, notamment la délimitation des zones de protection marines (ZPM) par la cartographie des océans, l'élaboration de rapports sur l'écosystème et de rapports de situation concernant les zones étendues de gestion des océans (ZEGO) et l'établissement de cadres visant des zones océaniques écologiquement et biologiquement importantes.

3.3 Climat océanique – L'interaction entre les océans, la glace et l'atmosphère est un élément crucial du système climatique mondial. En tant que nation établie en bordure de trois océans interreliés, le Canada a un intérêt direct, de même que la collectivité internationale, à améliorer sa compréhension du rôle des océans dans le climat mondial et l'impact des changements climatiques sur les écoslystèmes aquatiques. Le Secteur des sciences déploie des efforts en vue de prévoir la réaction des océans aux changements climatiques et d'évaluer les impacts éventuels sur les milieux et les écosystèmes marins, sur le poisson et sur les populations de mammifères marins.

Bureaux régionaux
Les directeurs généraux régionaux sont responsables de la prestation des programmes visant à remplir le mandat du Ministère, sous la surveillance fonctionnelle du sous‑ministre, du SM délégué et des SMA. Les commissaires adjoints sont responsables de la prestation des programmes en remplissant le mandat de l'Organisme de la Garde côtière sous la direction du commissaire. Chaque région est décrite ci‑dessous :

Région du Centre et de l'Arctique - Cette région englobe l'Alberta, la Saskatchewan, le Manitoba, l'Ontario, les Territoires du Nord‑Ouest et le Nunavut. La région renferme environ 65 % des eaux douces du Canada et sept des quatorze plus grands lacs au monde. Elle met l'accent sur les projets d'assainissement et de préservation des Grands Lacs. C'est dans cette région que se pratiquent environ 60 % des activités de pêche sportive du Canada, dont les captures dépassent même celles de la pêche commerciale. Quelque 50 pour cent des prises commerciales sont mises en marché par l'entremise de l'Office de commercialisation du poisson d'eau douce. Sur le plan du transport maritime, la région effectue près de 200 interventions de déglaçage et plus de 1 100 missions de recherche et sauvetage, sauvant par là 250 vies, et entretient près de 7 200 aides à la navigation. Elle assure l'intervention initiale en cas de pollution marine au nord du 60e parallèle. Les services de recherche et sauvetage dans les Grands Lacs sont fournis à la concentration d'embarcations de plaisance la plus élevée au pays, et la région assure le soutien du trafic maritime commercial jusqu'au coeur de l'Amérique du Nord.

Région du Golfe - Cette région englobe les parties nord et est du Nouveau‑Brunswick, l'Île-du-Prince-Édouard et la partie de la Nouvelle‑Écosse adjacente au golfe du Saint-Laurent. La Région veille à la gestion de nombreuses espèces pélagiques et de fond, comme la morue, le hareng, le thon, le flétan et la plie. Les espèces invertébrées importées commercialement que l'on trouve dans la région comprennent le homard, le crabe des neiges et des mollusques comme l'huître, la moule, la palourde et le pétoncle. En outre, plusieurs des cours d'eau qui se jettent dans le sud du Golfe sont importants pour la fraie d'espèces anadromes, dont le saumon de l'Atlantique, la truite et le gaspareau. Le bureau régional du MPO est situé à Moncton (Nouveau‑Brunswick). La région possède également trois bureaux locaux situés à Tracadie-Sheila (N.-B.), Charlottetown (Î.‑P.‑É.) et Antigonish (N.-É.). On compte dans cette région 12 300 pêcheurs commerciaux et plus de 4 000 bateaux pêchant dans le sud du golfe du Saint‑Laurent. En 2005, les débarquements se sont chiffrés à 158, 000 tonnes métriques environ, pour une valeur de 393 millions de dollars. La majorité des pêcheurs débarquent leurs prises aux installations portuaires du MPO situées dans 122 communités dans la région.

Région du Québec - Correspondant aux limites de la province, la région du Québec compte 6 000 km de côtes. Elle comprend le fleuve, l'estuaire et une partie du golfe du Saint-Laurent et les eaux côtières des Îles-de-la-Madeleine. Au Nunavik, elle inclut l'est de la baie James, l'est de la baie d'Hudson, la partie sud du détroit d'Hudson et la baie d'Ungava. Ses principales activités touchent le Saint-Laurent, cette voie navigable couvre 1600 km de l'Atlantique à Montréal et reçoit les eaux d'un nombre impressionnant d'affluents. Couvert de glace de décembre à avril, le Saint-Laurent demeure accessible 12 mois par année. Le secteur des pêches comprend plus de 3500 pêcheurs, et aide-pêcheurs, près de 1 600 bateaux, quelques 100 usines de transformation du poisson et plus de 200 ports pour petits bateaux. Les activités liées à l'étude scientifique du milieu marin, à la gestion des océans et des zones côtières et à la gestion de l'habitat du poisson s'effectuent à Mont-Joli, à l'Institut Maurice-Lamontagne. Les travaux qui y sont réalisés par les directions régionales des Sciences et des Océans et de l'Habitat fournissent des données essentielles pour comprendre et mieux gérer les écosystèmes aquatiques, évaluer l'impact des activités humaines sur ces écosystèmes et garantir la sécurité des voies navigables. Les équipes multidisciplinaires basées à Mont-Joli s'intéressent particulièrement aux pêches, à la navigation, à l'habitat du poisson en milieu marin et d'eau douce, à la gestion et la protection des ressources et des écosystèmes aquatiques, à l'aquaculture, et aux mammifères marins. Le MPO s'occupe de toutes les pêches maritimes dans la région, à l'exception de la pêche des espèces anadromes et de celle des espèces catadromes, qui sont gérées par le gouvernement du Québec. En matière de transport maritime, la Garde côtière joue un rôle stratégique en assurant des voies navigables sûres et accessibles et en facilitant le commerce maritime. En effet, celle-ci est responsable des communications et du trafic maritimes sur le Saint-Laurent, des aides à la navigation fixes et flottantes, du déglaçage et du contrôle des inondations. Elle s'occupe également de la recherche et du sauvetage maritimes, des interventions en cas de déversements de polluants ainsi que de l'entretien de la voie navigable entre Montréal et Cap Gribane. Tous ces services sont offerts à partir de trois bases à terre, un centre de coordination de recherche et sauverage maritime, quatre centres de services de communications et trafic maritimes, cinq postes de sauvetage saisonniers, six stations de sauvetage saisonnières stratégiquement localisées entre Trois-Rivières et Valleyfield et finalement des dépôts d'équipements servant à la lutte contre la pollution répartis dans différentes municipalités le long du littoral. De plus, la Garde côtière, région du Québec, fournit aux navigateurs commerciaux via son portail régional internet (www.marinfo.gc.ca) des renseignements essentiels à un transit sécuritaire tels les conditions du chenal incluant la présence de hauts-fonds, d'obstacles à la navigation, l'état des glaces, la condition des aides à la navigation, les opérations et travaux en cours tels que sondage, balisage, dragage, etc. Elle participe également au ravitaillement de l'Arctique canadien, fournit un appui à la souveraineté en eaux septentionales et applique le programme de sûreté maritime. Enfin, elle veille à assurer la sécurité des nagivateurs et à protéger le milieu marin et les ressources halieutiques du Canada. Ces activités sont toutes étroitement liées au fleuve Saint-Laurent qui traverse la région du Québec et qui comporte 300 km de chenal commercial dragué, très sinueux, parsemé de nombreux obstacles naturels et assujetti à la marée ainsi qu'à des courants parfois capricieux. Quelque 150 000 mouvements de navires sur le Saint-Laurent sont enregistrés chaque année, entre Sept-Îles et Montréal. De plus, un grand nombre d'embarcations de plaisance et de navires d'excursion sillonnent les voies navigables du Québec. L'activité portuaire y est également importante puisque quatre des plus importants ports du Canada sont situés dans la région. Près de 1800 aides à la navigation flottantes, fixes et électroniques balisent le territoire en vue d'indiquer aux navigateurs le chenal sécuritaire et l'emplacement des différents obstacles. Elle exploite aussi quatre stations de référence terrestre permettant de gérer le système de positionnement global par satellite en mode différentiel (DGPS) et vingt-sept phares opérationnels et automatisés. La Garde côtière reçoit annuellement 1 200 demandes d'assistance, sauvant ainsi 330 vies, et intervient à plus de 500 reprises dans le cadre de ses activités de déglaçage, d'escorte de navires et de contrôle des inondations. La Garde côtère dispose d'une flotte polyvalente qui reflète la diversité de ses activités : brise-glaces moyens/fluviaux; baliseurs; patrouilleurs côtiers; navires sondeurs; aéroglisseurs; chalutier côtier pour la recherche scientifique, plusieurs unités adaptées pour la recherche et le sauvetage, pour les patrouilles de surveillance des pêches ou pour la recherche scientifique; et des hélicoptères.

Région des Maritimes – La région s'étend sur environ 11 400 km de littoral et comprend trois provinces (le Nouveau-Brunswick, la Nouvelle-Écosse et l'Île-du-Prince-Édouard) de même que les eaux adjacentes jusqu'à la limite de 200 milles de la zone économique, et le sud du Golfe Saint-Laurent. On constate une activité maritime considérable sur les lignes de côte de la région, qui toutes sont peuplées. Ces activités incluent une industrie de la navigation de plaisance en croissance, une industrie de croisière en plein essor, une circulation très élevée de traversiers à passagers, une industrie d'écotourisme dynamique (observation de baleines, pêche hauturière, kayak de mer), un tonnage marchand grandissant (y compris des cargaisons de pétrole) et des pêches stables. Par exemple, on pratique dans cette région une pêche commerciale très diversifiée dans la baie de Fundy, le golfe du Maine et le Plateau néo-écossais. Cette pêche commerciale occupe 13 612 pêcheurs à temps plein et à temps partiel sur plus de 4 449 bateaux; des débarquements de quelque 310,700 tonnes de produits représentant 648 millions de dollars en 2006 selon une évaluation provisoire. La majorité des pêcheurs débarquent leurs prises aux installations portuaires du MPO situées dans 189 communautés dans la région. Par ailleurs, l'industrie de l'aquaculture (Région des Maritimes) avait en 2005 une valeur au débarquement d'environ 268 millions de dollars et a connu un taux de croissance de 15 % par année au cours des dernières années. Des tendances semblables se dessinent aussi ailleurs dans l'industrie de la pêche, par exemple au sud du golfe du Saint-Laurent. Les programmes de la Garde côtière sont offerts à partir de trois grandes bases à terre. Ils comprennent quelque 6 000 aides à la navigation fixes et flottantes ainsi que cinq sites de transmission du Système mondial de localisation différentiel (DGPS), une flotte régionale de huit grands navires et de 18 navires de moindre envergure (avec neuf stations de bateaux de sauvetage), six hélicoptères et trois hangars à hélicoptère, trois centres de communication et de trafic maritimes, un centre régional des opérations, un centre conjoint de coordination des opérations de sauvetage, six bateaux de sauvetage côtiers, le canal Canso, quatre dépôts d'équipement d'intervention d'urgence et une Garde côtière auxiliaire composée de 700 membres bénévoles exploitant 400 navires. Chaque année, cette région répond à plus de 1 300 incidents de sauvetage maritime et à plus de 200 incidents SAR aéronautiques et humanitaires, et sauve environ 450 vies en mer.

Région de Terre-Neuve et du Labrador - Comprenant la province de Terre-Neuve et du Labrador ainsi que les eaux maritimes avoisinantes, la rive s'étend sur près de 29 000 km. Avec plus de 95 % des communautés de la province sont dispersées le long de la côte le portrait socio-économique de cette région est dominé par la pêche. Traditionnellement, la morue était la principale espèce ciblée par la pêche commerciale. Cependant, depuis la diminution des ressources en poissons de fond au début des années 90, l'industrie de la pêche en est venue à dépendre largement des mollusques et crustacés, particulièrement le crabe et les crevettes. Une industrie de pointe modeste, mais en pleine croissance, des sciences et techniques de l'océan est en train de prendre naissance. Avec l'adoption de la Loi sur les océans, le MPO a un rôle à jouer dans toutes les activités océaniques. Cyclones, tempêtes, glace, icebergs et brouillard font partie des défis que doit relever la région lors de la prestation de services. En transport maritime, la Garde côtière supporte directement la marine marchande au moyen d'environ 125 interventions en déglaçage, de plus de 450 missions en recherche et sauvetage, au moyen desquelles 380 vies sont sauvées, de services de communication et de trafic maritimes, de l'intervention environnementale et de l'entretien de presque 1 700 aides à la navigation. Les programmes de la Garde côtière sont fournis par le biais d'une flotte régionale de 14 navires et de trois hélicoptères. De plus, la GCC coordonne la Garde côtière auxiliaire composée de plus de 900 membres.

Région du Pacifique - Cette région comprend la Colombie‑Britannique et le Yukon. La région du Pacifique s'étend sur plus de 27 000 km du littoral de la Colombie-Britannique et 560 000 km carrés d'océan. Le climat connaît souvent des fluctuations considérables le long de la côte de la CB, reconnue comme étant l'une des lignes de côte les plus orageuses au monde. Cette vaste zone est patrouillée par une flotte de 15 navires, deux (2) aéroglisseurs, 11 bateaux de sauvetage et six (6) hélicoptères. En matière de transport maritime, elle appuie directement la navigation avec plus de 2 900 missions de recherche et sauvetage aéronautiques et maritimes, sauvant la vie de 1 400 personnes, et entretient plus de 1 817 aides à la navigation, dont la plupart se trouvent en régions éloignées. La région gère un débit très élevé de circulation maritime, soit presque un demi million de déplacements de navires par année, par le biais de ses services de communication et de trafic maritimes comprenant 29 sites de communications éloignés, dont la plupart se trouvent au sommet de montagnes, ce qui les rend accessibles par hélicoptère. La région offre l'intervention environnementale maritime pour le transport du pétrole brut qui passera de 4 millions de tonnes, montant actuel, à 20 millions de tonnes une fois la pipeline des sables bitumineux de l'Alberta achevée, en 2010. Cette région soutient également les pêches commerciales, récréatives et autochtones, industrie de l'aquaculture ainsi que des industries importantes en sciences et en technologie des océans. Elle assure la gestion et la protection des stocks de poisson marin du Pacifique. Son territoire englobe quelque 105 réseaux hydrographiques en Colombie‑Britannique ainsi que huit cours d'eau transfrontaliers au nord, les rivières Stikine, Taku, Alsek, Chilkat, Whiting, Unuk, Chicamin et Yukon.