Les origines du ministère des Affaires étrangères et du Commerce international remontent à une loi adoptée en 1909 par le Parlement pour régir les relations du Canada avec les gouvernements des autres pays de l'Empire britannique et avec les pays étrangers. En 1981, les activités extérieures du service de l'immigration sont intégrées au Ministère. En janvier 1982, à l'issue d'une réorganisation en profondeur, les services du ministère de l'Industrie et du Commerce qui étaient chargés du commerce avec l'étranger et de la politique en matière de commerce extérieur sont intégrés au Ministère. En 1992, le volet immigration du service extérieur est transféré à Emploi et Immigration Canada, et d'autres fonctions périphériques, comme le Programme des expositions internationales et le programme relatif au sport international, sont confiées à d'autres ministères. En 1993, la Division du développement de l'investissement d'Investissement Canada est intégrée au Ministère.

La Loi sur le ministère des Affaires extérieures de 1985 établit le mandat du Ministère, et prévoit la nomination d'un secrétaire d'État aux Affaires extérieures (SEAE) et d'un ministre du Commerce extérieur. Le Ministère est alors rebaptisé Affaires extérieures et Commerce extérieur Canada. À l'automne 1993, le Ministère prend le nom qu'on lui connaît aujourd'hui de ministère des Affaires étrangères et du Commerce international (MAECI), et le secrétaire d'État devient ministre des Affaires étrangères.