L'OCPED est dirigé par un conseil d'administration constitué de onze membres : un directeur général, un président, un directeur pour chaque province ou territoire participant et quatre autres directeurs. Le directeur général et le président sont nommés par le gouverneur en conseil tandis que les autres directeurs sont nommés par le ministre des Pêches et des Océans sur approbation du gouverneur en conseil. Le directeur d'une province ou d'un territoire participant est nommé sur recommandation du lieutenant gouverneur en conseil de sa province ou de son territoire.