Conseil d'administration
L'administration portuaire de Hamilton est dirigée par un conseil d'administration comptant sept membres. Les gouvernements fédéral, provincial et municipal nomment chacun un membre. Les quatre autres membres sont choisis parmi les candidatures que le Comité des candidatures de l'Administration portuaire de Hamilton soumet au gouvernement fédéral. Ces candidats représentent les trois catégories d'utilisateurs du port et sont nommés par le ministre des Transports. Le conseil élit un président parmi ses administrateurs.

Conseil de direction
Le président et directeur général est le premier dirigeant de la société. Il possède tous les pouvoirs et assume toutes les responsabilités de ce titre, conformément à la Loi, aux Règlements et aux Lettres patentes. Le président et directeur général surveille les services juridiques externes, le développement de la politique d'entreprise, les relations avec les divers paliers gouvernementaux et les autres administrations portuaires. Il mène une équipe de directeurs formée du vice-président aux finances et à l'administration, du vice-président à l'exploitation/capitaine du port et le vice-président au marketing. Ce conseil de direction a pour tâche d'assurer la gestion et la maintenance de la Marina Harbour-West, en plus de trouver et de poursuivre des occasions d'affaires dans les domaines commerciaux et récréatifs, dans les limites du champ d'action de la société.

Finances et administration
Les responsabilités de ce service comprennent la comptabilité générale, l'analyse financière, les prévisions budgétaires, la préparation des états financiers et du plan d'affaires quinquennal, la gestion du flux de trésorerie, les assurances, la gestion des projets d'immobilisation, les services de secrétariat à toutes les séances du conseil d'administration, l'approvisionnement et les fournitures, l'informatique et les ressources humaines.

Exploitation
Le service de l'exploitation regroupe les divisions suivantes de l'entreprise :

Les responsabilités de la division de la Capitainerie du port comprennent la gestion de la circulation maritime dans les eaux du port, la sécurité du port, l'application des règlements à titre d'administration portuaire, ainsi que l'élaboration de plans d'urgence.

Les responsabilités de la division de l'Immobilier comprennent l'étude et la connaissance d'occasions de développement terrien, le règlement des questions de propriété, l'administration des baux, des licences et des permis des locataires, ainsi que les activités relevant de son champ d'action.

Les responsabilités de la division de l'Ingénierie comprennent la réalisation de grands travaux, la coordination avec les locataires actuels et nouveaux lors de chantiers, ainsi que la gestion des chenaux navigables.

Les responsabilités de la division de la Maintenance et de l'Approvisionnement comprennent la supervision de toutes les activités de maintenance et de réparation des biens loués ou appartenant à l'administration portuaire, de ses immeubles, véhicules et navires; la promotion par l'exemple et la participation aux initiatives et aux formations en santé et sécurité, ainsi que la gestion de l'approvisionnement en biens et en services.

Marketing
Les responsabilités de ce service comprennent la prospection de clients, la tarification, les relations avec la clientèle, la communauté et les médias, les commandites et les dons, les annonces commerciales, les événements et les communications de l'entreprise, la promotion et la publicité.