Affaires indiennes et du Nord Canada a été créé en vertu de l'article 15 de la Loi de 1966 sur l'organisation du gouvernement, devenue depuis la Loi sur le ministère des Affaires indiennes et du Nord canadien (L.R.C., 1985, chapitre I‑6, loi modifiée). En fait, le Ministère est le résultat du fusionnement des responsabilités relatives aux Indiens au Canada qui étaient autrefois assumées par le ministère du Nord canadien et des Ressources naturelles et le ministère de la Citoyenneté et de l'Immigration de l'époque.