L'ACIA s'appuie sur des bases scientifiques pour concevoir et administrer ses programmes et prendre ses décisions en matière de réglementation. La recherche scientifique contribue à établir des bases scientifiques solides qui appuient le processus d'élaboration de politiques et de prise de décisions de l'Agence. La science est un outil important pour faire face à des situations nouvelles comme l'évaluation de la salubrité des nouveaux produits issus de la biotechnologie et les problèmes liés à l'influenza aviaire (IA) et à l'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB). Parmi les méthodes scientifiques qu'utilise l'ACIA pour accomplir son travail quotidien, mentionnons les techniques de laboratoire, l'évaluation des risques, la surveillance, la recherche et l'élaboration de technologies. L'Agence effectue également des analyses de données issues de la recherche scientifique et d'autres informations afin de pouvoir donner des avis et des renseignements scientifiques permettant aux responsables de l'ACIA de repérer

Pour qu'un régime de réglementation soit efficace, les autorisations législatives doivent être conformes au mandat de l'organisme et être suffisamment générales pour permettre d'assumer toute la gamme de responsabilités se rattachant au mandat. Par ailleurs, les règlements doivent être clairs, applicables, justes et appliqués de manière uniforme. L'ACIA examine continuellement ses dispositions législatives et met à jour ses règlements afin d'être mieux en mesure de contribuer à la réalisation des objectifs de la politique gouvernementale en tenant compte du contexte national et international dans lequel l'Agence s'acquitte de ses responsabilités. Ainsi, l'ACIA appuie la directive du Cabinet sur la rationalisation de la réglementation visant à améliorer le système de réglementation du gouvernement du Canada.

L'ACIA représente le Canada au sein des organismes de normalisation internationaux s'occupant des questions relatives à la salubrité des aliments et à la santé des animaux et des végétaux. L'Agence est chargée de réglementer les produits importés et exportés, et nos actions sont soumises à des obligations internationales, principalement en vertu de l'Accord sur les mesures sanitaires et phytosanitaires de l'Organisation mondiale du commerce.

L'ACIA est chargée de l'administration et de l'application de 13 lois fédérales et de leurs règlements respectifs. Les secteurs réglementés par l'Agence sont l'agriculture, l'agroalimentaire, les poissons et les produits de la mer, l'horticulture et la foresterie. Les produits susceptibles d'être inspectés ou certifiés par l'Agence vont des intrants agricoles, tels que les semences, les aliments pour animaux et les engrais, jusqu'aux aliments frais – notamment la viande, le poisson, les œufs, les produits laitiers, les fruits et les légumes – et aux aliments cuisinés et emballés. L'ACIA définit les priorités en matière de mise en conformité et d'application de la loi en fonction de stratégies fondées sur le risque et scientifiquement établies. La conformité aux lois et règlements applicables est évaluée à l'aide d'inspections, de vérifications et d'échantillonnages des produits. Afin de faciliter la mise en conformité, l'Agence organise des activités de formation et de sensibilisation qui visent à clarifier les normes et les prescriptions de la loi et à les faire mieux comprendre des parties réglementées. Lorsque l'ACIA constate un cas important de non-conformité, elle utilise une vaste gamme d'approches, allant des avertissements verbaux et écrits à des sanctions administratives pécuniaires et des poursuites, pour faire appliquer la loi. Pour s'acquitter efficacement de son mandat, elle doit impérativement concevoir, mettre au point et examiner des outils et des procédés d'inspection.

L'ACIA mène à bien son mandat principalement dans des domaines de compétence et de responsabilité partagées. Pour y parvenir, elle doit absolument constituer des partenariats solides avec d'autres ministères fédéraux, ainsi qu'avec des administrations provinciales, territoriales et municipales. En 2005, l'ACIA, par l'entremise du Comité de réglementation fédéral-provincial-territorial de sous-ministres adjoints (Comité FPT), a fourni les compétences et donné les conseils stratégiques nécessaires à l'élaboration et à la mise en œuvre de projets coordonnés de règlements et de programmes FPT. Le Comité FPT se penche sur des questions relatives aux aliments (tels que la réforme de l'inspection des viandes), aux animaux (comme la préparation en vue d'une intervention en cas d'apparition de l'influenza aviaire et une stratégie nationale intégrée sur la santé des animaux) et aux végétaux (telle qu'une stratégie nationale intégrée sur la biosécurité végétale), ainsi que sur des questions pouvant avoir des répercussions sur le système canadien d'inspection des aliments.

Au sein du portefeuille de l'Agriculture, l'ACIA entretient des rapports bilatéraux importants avec Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) et la Commission canadienne des grains. La mise en œuvre du Cadre stratégique pour l'agriculture (CSA) constitue un élément clé du partenariat avec AAC. Les initiatives financées en vertu du Cadre et mises en œuvre par l'ACIA visent l'élaboration et l'adoption de règlements afin de surveiller la fabrication des aliments médicamentés ainsi que, conjointement avec les provinces, l'application du Programme de reconnaissance de la salubrité des aliments à la ferme. Comme les ententes en cours dans le cadre du CSA expireront en 2008, les ministres fédéraux, provinciaux et territoriaux de l'Agriculture se sont engagés à travailler envers le cadre Cultivons l'avenir afin d'assurer un secteur plus stable, prévisible et rentable. L'ACIA, de concert avec ses partenaires du portefeuille de l'Agriculture et de l'Agroalimentaire, s'emploie activement à élaborer le cadre Cultivons l'avenir.

Dans le domaine de la salubrité de l'approvisionnement alimentaire, la responsabilité législative fédérale est partagée. Santé Canada est tenue d'établir des politiques et des normes concernant la salubrité et la qualité nutritionnelle des aliments vendus au Canada et d'évaluer l'efficacité des programmes de l'ACIA afin d'assurer le respect des normes prescrites. L'ACIA prend en charge les activités de conception et d'exécution de l'inspection des aliments et de la conformité et de l'application de la loi, ainsi que de l'élaboration des règlements et des politiques sur l'étiquetage non lié à la santé et à la salubrité des aliments et de leurs normes de composition. En ce qui concerne l'activité visant la santé animale et végétale et la salubrité des aliments aux frontières et autres points d'entrée du Canada, l'ACIA établit des politiques et des normes, que fait appliquer l'Agence des services frontaliers du Canada (ASFC). La relation entre l'ACIA et l'ASFC est au centre des efforts visant à empêcher l'entrée d'espèces envahissantes au Canada. Enfin, et à la lumière de la menace que représentent les zoonoses pour la santé humaine et de la nécessité de protéger les Canadiens contre les menaces pour notre sécurité, délibérées et non intentionnelles, l'ACIA a établi de solides relations de collaboration avec l'Agence de santé publique du Canada (ASPC) et Sécurité publique et Protection civile Canada (SPPCC).

Les principaux partenaires fédéraux de l'ACIA sont : Santé Canada; Agriculture et Agroalimentaire Canada; l'Agence de santé publique du Canada; la Commission canadienne des grains; Sécurité publique et Protection civile Canada; l'Agence des services frontaliers du Canada; Pêches et Océans Canada; Ressources naturelles Canada, y compris le Service canadien des forêts; Affaires étrangères et Commerce international Canada; et Environnement Canada, y compris le Service canadien de la faune.

La recherche scientifique est complexe et requiert des liens solides avec d'autres organismes ayant des intérêts et des responsabilités similaires afin de maximiser les avantages. L'Agence entretient des liens en matière de recherche avec d'autres organismes fédéraux, comme Agriculture et Agroalimentaire Canada, Santé Canada, l'Agence de santé publique du Canada et le Service canadien des forêts et, au besoin, elle collabore avec les provinces, des universités et le secteur privé. En raison de la nature mondiale de nombreuses questions qui relèvent de son mandat, l'Agence entretient également des liens avec le milieu de la recherche international. L'élargissement et l'amélioration de ces collaborations constituent une priorité pour l'Agence. Celle-ci consulte régulièrement les experts scientifiques quand elle élabore des règlements, des politiques, des programmes, des méthodes et des procédures d'inspection et des essais et interventions d'urgence. L'ACIA reconnaît d'ailleurs l'importance cruciale d'une collaboration étroite avec le large éventail de ses intervenants, à savoir les parties qu'elle réglemente, comme les établissements et les importateurs enregistrés, les agriculteurs ainsi que les associations représentant les consommateurs, la santé publique, la protection des animaux et les intérêts environnementaux.

Sur la scène internationale, l'ACIA s'efforce de promouvoir un cadre de réglementation international, en rapport avec son mandat, qui est transparent et fondé sur des règles et des principes scientifiques. Pour faire valoir les objectifs du Canada en matière de réglementation, elle participe à plusieurs accords internationaux et bilatéraux ou en prend l'initiative. Conformément à son cadre de coopération internationale en matière de réglementation, l'ACIA entretient d'étroites relations avec d'importants homologues étrangers responsables de la réglementation.