Le Bureau de la présidente
La présidente, qui relève directement du ministre de l'Agriculture et de l'Agroalimentaire, est responsable de l'élaboration de politiques et de la prestation de programmes afin de soutenir le rôle de l'ACIA comme principal organisme fédéral à vocation scientifique chargé de réglementer la salubrité des aliments, la santé des animaux et la protection des végétaux. Pour la gestion des initiatives immédiates, à court et à long terme de l'Agence, la présidente est appuyée par une équipe de cadres supérieurs hautement qualifiés et bien informés.

Le Bureau du vétérinaire en chef
Le Bureau du vétérinaire en chef du Canada a été créé en juillet 2004 dans le contexte de l'environnement international et du défi que présentaient les nouvelles menaces associées. Sa création avait également pour objet de traiter les conséquences sociales, politiques, zoo sanitaires et économiques élargies, ainsi que les conséquences pour la santé publique, des éclosions de maladies animales d'origine alimentaire ou non, et notamment de zoonoses.

À l'échelle nationale, le Bureau du vétérinaire en chef offre des conseils stratégiques de niveau supérieur en ce qui concerne les questions de santé animale et de santé publique vétérinaire grâce à sa collaboration avec les collèges de médecine vétérinaire et la profession, ainsi qu'avec le Bureau de l'administrateur en chef de la santé publique du Canada; des analyses de l'environnement, du contexte international et du transfert des connaissances pour appuyer la conception des programmes et l'élaboration des politiques réglementaires; un appui à la communication efficace des risques dans le contexte de l'évaluation et de l'interprétation des cas de maladie; une analyse de la capacité et de la compétence de l'infrastructure vétérinaire canadienne à intervenir pour protéger la santé animale et humaine contre les menaces nationales et internationales ainsi que pour protéger la filière des aliments d'origine animale.

Le Bureau du vétérinaire en chef sert de premier point de contact des autorités étrangères de réglementation des 169 pays membres de l'Office international des épizooties (Organisation mondiale de la santé animale), appelé OIE, en ce qui a trait aux questions de santé animale et de santé vétérinaire publique.

De surcroît, au niveau international, le Bureau du vétérinaire en chef fournit un appui en ce qui concerne les stratégies de négociations techniques de l'accès au marché du gouvernement du Canada : maintient un réseau international d'experts qui contribue à la suite d'une éclosion de maladie au pays ou à l'étranger; sert de point de contact pour signaler à la collectivité internationale les cas de maladie d'importance épidémiologique au Canada; diffuse des renseignements sur les cas de maladie animales et de zoonoses à l'échelle internationale au gouvernement et aux parties intéressées du Canada.

La Direction générale de la vérification, de l'évaluation et de la surveillance du risque (DGVESR)
La Direction générale de la vérification, de l'évaluation et de la surveillance du risque (DGVESR) consiste en un Bureau du directeur exécutif; Valeurs et éthiques; Vérification interne; Évaluation; et Surveillance du risque.

La DGVESR est au cœur des efforts déployés par l'ACIA pour renforcer la responsabilisation de l'organisation ainsi que la gestion des ressources et la bonne gouvernance afin de devenir un chef de file en matière de gestion des risques de l'entreprise à l'échelle du gouvernement fédérale.

La DGVESR contribue au mandat de l'Agence en faisant preuve de leadership stratégique et en dirigeant l'évaluation des programmes, la vérification intégrée et la surveillance du risque. La Direction générale contribue au maintien de la confiance du public en l'ACIA et ses employés grâce à son agent de l'intégrité, et aux fonctions reliées au programme des valeurs et d'éthiques.

La Direction générale facilite la saine gestion de l'Agence en procédant régulièrement à des examens, à des évaluations et à des vérifications, ainsi qu'en donnant des conseils et en offrant des services de responsabilisation en matière de gestion afin d'améliorer l'efficacité et le rendement des activités de l'Agence. Cette fonction permet de coordonner toutes les vérifications et les évaluations externes en cours et d'assurer une liaison avec le Bureau du vérificateur général et Santé Canada. La Direction générale assure également un leadership en plus de fournir une orientation stratégique en matière de gestion des risques au moyen de ses activités de surveillance du risque.

De plus, la DGVESR constitue le mécanisme interne à partir duquel les employés peuvent divulguer, de bonne foi et sans peur de représailles, de l'information concernant un acte répréhensible au sein de l'ACIA.

La Direction générales des affaires publiques
La Direction générale des affaires publiques veille à ce que les communications à travers l'Agence soient bien coordonnées, gérées efficacement et adaptées aux divers besoins du public et des intervenants de l'ACIA à l'interne et à l'externe.

La Direction générale comprend les directions suivantes : Enjeux de communication, Communication des programmes et Communications générales.

La Direction des enjeux de communication est responsable de l'appui ministériel et aux programmes, de même que de la santé animale.

La Direction de la communication des programmes est responsable des relations avec les médias, des enjeux liés à la salubrité des aliments et à la santé des végétaux.

La Direction des communications intégrées et sensibilisation du publique comprend les groupes suivants : Communications et planification opérationnelle, Communications internes et stratégiques, Sensibilisation du public et Nouveaux médias.

La Direction générale des finances, de l'administration et de la technologie de l'information (DGFATI)
La DGFATI s'est engagée à fournir des services de soutien efficaces et efficients à la clientèle, tant à l'interne qu'à l'extérieur.

La DGFATI compte cinq principaux domaines fonctionnels : Services financiers, Bureau du dirigeant principal de l'information, Gestion des biens et de la sécurité, Politique des approvisionnements et des marchés, et Politique stratégique, planification organisationnelle et administration.

Outre les bureaux de l'Administration centrale, des centres de service nationaux sont à l'œuvre à l'échelle du Canada pour répondre aux besoins généraux et fonctionnels en matière de TI de l'ACIA.

La Direction générale des opérations
La Direction générale des opérations comprend : Opérations nationales; Gestion des urgences; Opérations Atlantique; Opérations Québec; Opérations Ontario; Opérations Ouest.

Avec plus de 3 500 employés, la Direction générale des opérations compte le plus gros effectif de l'Agence. Elle se compose du service d'inspection et du volet de l'application de la loi de l'ACIA. Le personnel de la Direction générale des opérations de l'ACIA exécute 14 programmes d'inspection pour surveiller l'innocuité des aliments et des produits d'origine animale et végétale afin de garantir qu'ils sont sûrs pour la santé humaine et l'environnement.

Le personnel affecté à l'inspection exécute des activités de surveillance, de dépistage et de contrôle des maladies chez les animaux et les végétaux. Le personnel affecté aux opérations enquête sur les violations des 13 lois et de la trentaine et plus de règlements que l'ACIA est chargée d'administrer et qu'elle a la responsabilité de faire respecter.

La Direction générale des politiques et des programmes
La Direction générale des politiques et des programmes établit les orientations stratégiques en matière de salubrité des aliments, de santé des animaux et de protection des végétaux. Elle intègre ces orientations à l'exécution des programmes de l'ACIA. La Direction générale comporte les trois volets suivants : Politiques, Programmes et Intégration et Services de gestion.

Les Politiques établissent les politiques et orientations stratégiques qui font avancer les priorités de l'ACIA et du gouvernement et les appuient. Ce volet regroupe les fonctions stratégiques de l'Agence et de la Direction générale en un seul groupe intégré. Les Politiques comptent trois directions : Politiques internationales, Politiques intérieures et Politiques stratégiques.

Les Programmes conçoivent et modernisent les programmes de l'ACIA. Ils élaborent des outils et proposent des orientations qui permettent un travail de première ligne efficace. Ils comptent cinq directions : Salubrité de produits agroalimentaires, des viandes et des produits de la mer; Santé des animaux; Salubrité des aliments et Protection des consommateurs; Protection des végétaux.

Le volet Intégration et Services de gestion soutient la Direction générale des politiques et des programmes et lui permet de bien fonctionner grâce à de solides pratiques de gestion et à des processus administratifs simplifiés. Intégration et Services de gestion compte deux directions : Planification et Transformation des activités (conçue pour regrouper et maximiser les travaux en GI/TI) et Services d'affaires.

La Direction générale des ressources humaines
La Direction générale des ressources humaines (DGRH) seconde l'ACIA dans l'application de sa stratégie en matière de ressources humaines et est un partenaire stratégique dans la réalisation des objectifs de l'Agence. En plus d'offrir des conseils et de l'aide stratégiques à l'équipe de la haute direction de l'ACIA, la DGRH fournit des services à l'ensemble des employés et des gestionnaires sur tous les aspects de la gestion des ressources humaines, de l'embauche à la retraite en passant par toutes les étapes intermédiaires. La Direction générale se compose des éléments suivants : Division des opérations des ressources humaines, Division de l'apprentissage, Division des politiques, systèmes et programmes, Division des relations de travail, et les Services au groupe de la direction.

Les travaux de la Direction générale des ressources humaines sont dirigés par le Sous-comité des ressources humaines (SCRH) qui est formé de cadres supérieurs des différents secteurs de l'Agence. Le SCRH est un sous-comité du Comité exécutif et constitue la première tribune où l'on discute des importantes questions de gestion des ressources humaines qui préoccupent l'Agence.

La Direction générale des sciences
Le rôle de la direction des sciences est d'être un point de référence pour la science et la gérance des sciences à l'intérieur de l'ACIA. Sa mission est de fournir des services de laboratoires, une direction scientifique, ainsi que de conseils pratiques. Les sciences menées par la Direction générale couvrent un large éventail de catégories incluant les sciences de laboratoire, par exemple les essais, le dépistage et la recherche, et les sciences hors laboratoire telles que l'évaluation de risque, les études politiques et la surveillance de maladie.

La Direction générale du secrétariat des services intégrés
La Direction générale du secrétariat des services intégrés est chargée de soutenir, d'intégrer et de coordonner les fonctions intégrées suivantes à l'ensemble de l'Agence : 1) la planification stratégique intégrée et l'établissement de rapports pour le compte de l'ACIA, notamment l'élaboration et la production du Rapport sur les plans et priorités, du Rapport annuel sur le rendement présenté au Parlement, du Plan d'entreprise de l'Agence, de l'Architecture d'activités de programmes, du Cadre de mesure du rendement, du Profil des risques de l'Agence et du Cadre de responsabilisation de gestion ; 2) les affaires ministérielles et parlementaires, notamment la coordination des demandes de renseignements du Cabinet du Ministre, le suivi des activités au Parlement et la préparation des comparutions devant les Comités permanents et des réponses à des documents parlementaires ; 3) les services de secrétariat offerts à la présidente et au ministre pour l'ensemble des comités exécutifs internes et journées de réflexion

La Direction générale des services juridiques
La Direction générale des services juridiques de l'ACIA représente le contentieux de l'Agence qui offre d'importants services juridiques quotidiens à l'ACIA et à ses agents. L'organisme est mandaté par le ministre de la Justice comme conseiller juridique officiel auprès de l'ACIA sur les questions de droit reliées à ses activités.