L'Office comprend de trois à neuf membres nommés par le ministre des Affaires indiennes et du Nord canadien, un représentant de chacun des ministères fédéraux qui, de l'avis du gouverneur en conseil, sont les plus directement intéressés par la gestion des ressources en eau des Territoires du Nord‑Ouest, et au moins trois personnes nommées par les commissaires en conseil de ces territoires.
Le ministre des Affaires indiennes et du Nord canadien nomme les spécialistes et les techniciens de l'Office. En 1973, l'Office s'est doté d'un Comité consultatif technique auquel il a confié l'étude des questions techniques et pratiques concernant l'utilisation des eaux.