Le rôle de l'Administration de pilotage des Grands Lacs consiste à établir, à exploiter, à entretenir et à administrer, en s'occupant en particulier du facteur sécurité, un service de pilotage efficace et économique dans les limites géographiques désignées, à savoir toutes les eaux territoriales du Québec situées au sud de l'entrée septentrionale de l'écluse Saint-Lambert, et toutes les eaux canadiennes situées à l'intérieur et autour de l'Ontario et du Manitoba. Le pilotage dans les eaux internationales qui se trouvent à l'intérieur de ces limites est partagé avec les sociétés de pilotage des États-Unis qui sont dirigées par la Garde côtière de ce pays, conformément à la convention signée par le Canada et les États-Unis. L'Administration de pilotage des Grands Lacs prescrit des tarifs de droits de pilotage équitables et raisonnables qui lui permettent de faire des recettes suffisantes pour être financièrement indépendante.