L'Administration de pilotage des Grands Lacs se compose d'un président à temps partiel, et de six membres nommés par le gouverneur en conseil et un directeur général nommé par le conseil d'administration. Son siège social est à Cornwall (Ontario). Les bureaux des opérations du district de l'Est et de l'Ouest y sont logés. Tous les services concernant la direction, l'administration, le personnel, les finances, les marchés et les achats sont fournis par le bureau de Cornwall. L'Administration est une société de la Couronne qui rend compte de ses activités au Parlement par l'entremise du ministre des Transports.

Direction de l'administration
Cette Direction assure les services administratifs et financiers nécessaires à la bonne marche des activités de diverses composantes de l'Administration.

Direction des opérations
Cette Direction est chargée d'assurer les services de pilotage dans la zone que la Loi sur le pilotage assigne à l'Administration de pilotage des Grands Lacs, en affectant des pilotes brevetés aux navires qui naviguent dans ces eaux.