Conseil d'administration
Le Conseil d'administration de l'Administration est chargé de veiller à ce que la direction s'acquitte de ses responsabilités relatives à la communication de l'information financière et au contrôle interne. Le Conseil exerce ses responsabilités par l'entremise d'un comité de vérification qui se réunit régulièrement avec la direction et le vérificateur.

Direction générale de l'administration
Cette direction fournit les services administratifs et financiers nécessaires au fonctionnement de l'Administration, dans le respect des principes commerciaux reconnus.

Direction générale des opérations
Cette direction fournit des services de pilotage par affectations et répartit des pilotes qualifiés vers les navires qui entrent dans le territoire régi par l'Administration de pilotage du Pacifique.