L'Administration portuaire de Prince Rupert a été établie en vertu de la Loi maritime du Canada, qui a reçu la sanction royale le 11e jour de juin 1998 et est entrée en vigueur en ce qui a trait aux administrations portuaires le 1er jour de mai 1999. Cette loi abrogeait la Loi sur la Société canadienne des ports de 1983, qui modifiait la Loi sur le Conseil des ports nationaux de 1936, la Loi sur les ports et les jetées de l'État et la Loi sur les commissions portuaires de 1964.

Le Port de Prince Rupert, situé sur la côte nord-ouest de la Colombie-Britannique (C.-B.), à quelque 800 kilomètres au nord de Vancouver, C.-B., est considéré comme la porte d'entrée maritime du Canada sur l'Asie. En tant que terminal ferroviaire de la côte ouest d'Amérique du Nord, le Port de Prince Rupert est directement lié au centre de l'Amérique du Nord par voie terrestre, ferroviaire et aérienne.