Le président-directeur général de l'Administration portuaire de Port Alberni est l'individu responsable de l'organisation et, comme tel, il accomplit toutes les tâches relatives aux activités du port, conformément à la Loi maritime du Canada et de la Loi sur l'accès à l'information.

Finances et gestion
Parmi les responsabilités, l'on compte l'analyse financière, les prévisions budgétaires, la préparation des états financiers et la planification d'un projet échelonné sur 5 ans, les comptes payables et recevables, la gestion de l'encaisse, le bordereau de paye, les systèmes informatisés, les ressources humaines, la coordination et la préparation du rapport annuel, ainsi que la coordination de la promotion et la publicité concernant l'Administration portuaire de Port Alberni.

Opérations
Ce département est responsable de la gestion du trafic maritime en deçà des limites du port et la mise en application des règlements en tant qu'autorité portuaire, ainsi que la planification en cas de situations d'urgence.

Développement des biens immobiliers
Les responsabilités de ce département sont la révision et l'étude des possibilités de développement des terres, réviser et aborder les questions concernant les biens immobiliers, ainsi que la gestion des baux, permis et autorisations des locataires et des activités sur la parcelle du port appartenant à la Couronne.