Conseil d'administration
Le conseil d'administration de l'Administration portuaire de Québec est composé de sept administrateurs. Le gouvernement fédéral, le gouvernement provincial et le gouvernement municipal nomment chacun un administrateur au sein du conseil d'administration. Les 4 autres membres sont proposés par le comité des usagers du Port de Québec puis nommés par le ministre. Le conseil d'administration élit, parmi les administrateurs, un président et un vice-président de l'Administration portuaire de Québec.

Comité exécutif
Le comité exécutif est chargé d'administrer le Code de déontologie, d'examiner la rémunération des Administrateurs, du premier dirigeant et des autres Dirigeants et formule les recommandations au Conseil à cet égard.

Direction générale
À titre de chef administratif de l'Administration, le premier dirigeant s'acquitte des tâches que lui confient la Loi, les Règlements, les Lettres patentes et les règlements administratifs. En tant que responsable de l'institution, il est à la tête d'une équipe de gestionnaires formée d'un vice-président à l'exploitation, d'un vice-président aux finances et à l'administration et de deux directeurs, la première responsable du marché des croisières et des communications, le second de la planification stratégique et du marketing.

Exploitation
Ce département est responsable de la gestion immobilière, des affaires juridiques, des services d'ingénierie et d'environnement, de l'entretien, de la capitainerie, des services de sécurité, de la marina ainsi que de la gestion des documents.

Développement
Ce département est sous la responsabilité de deux directeurs dont les mandats couvrent les champs d'actions suivants : la planification stratégique, le marketing, les communications, les relations publiques et corporatives et la tarification de l'administration portuaire.

Finances et administration
Le département des finances veille à la gestion de la comptabilité générale, des finances et de la trésorerie, du service informatique, des ressources humaines ainsi que des achats et des approvisionnements.