L'Administration portuaire de Saint John a été créée en vertu de la Loi maritime du Canada, qui a reçu la sanction royale le 11 juin 1998 et a pris effet le 1er mai 1999 en ce qui a trait à Saint John. La Loi maritime du Canada a abrogé la Loi sur la Société canadienne des ports de 1983, qui modifiait la Loi sur le Conseil des ports nationaux de 1936, la Loi sur les ports et les installations publiques portuaires et la Loi sur les commissions portuaires de 1964. L'administration portuaire a été ajoutée à l'annexe 1 de la Loi sur l'accès à l'information et à l'annexe de la Loi sur la protection des renseignements personnels.

La Loi maritime du Canada a créé 18 administrations portuaires qui possèdent leurs propres lettres patentes et rendent compte au Parlement par l'entremise de Transports Canada.