L'Administration portuaire de St. John's a été créée en vertu de la Loi maritime du Canada, qui a reçu la sanction royale le 11 juin 1998 et est entrée en vigueur le 1er mai 1999 en ce qui a trait aux administrations portuaires. Cette loi abrogeait la Loi sur la Société canadienne des ports de 1983, qui modifiait la Loi sur le Conseil des ports nationaux de 1936, la Loi sur les ports et les installations portuaires et la Loi sur les commissions portuaires de 1964.

La Loi maritime du Canada a créé 18 administrations portuaires qui possèdent leurs propres lettres patentes et rendent compte au Parlement par l'entremise du Ministre des Transports.