À titre d'organe administratif du Conseil du Trésor, le Secrétariat doit exercer un double mandat : le Conseil du Trésor à titre de comité des ministres et assumer responsabilités législatives qui lui incombent. Ces responsabilités découlent du pouvoir général visé par les articles 5 à 13 de la Loi sur la gestion des finances publiques, et des pouvoirs conférés par d'autres lois, notamment la Loi sur les relations de travail dans la fonction publique, la Loi sur l'équité en matière d'emploi, la Loi sur les langues officielles, la Loi sur l'accès à l'information, la Loi sur la protection des renseignements personnels, la Loi canadienne sur les droit de la personne, la Loi sur les immeubles fédéraux et les biens réels fédéraux et la Loi sur l'emploi dans la fonction publique. Les responsabilités du Secrétariat ayant trait à la gestion générale de l'administration publique portent sur tous les secteurs d'intervention gérés par 22 ministères d'exploitation et un grand nombre d'autres entités organisationnelles mentionnées dans le Budget principal des dépenses.

Le rôle du Secrétariat consiste à définir et à mettre en œuvre les principes de la régie moderne dans l'administration fédérale. Bien que l'obligation de rendre compte de la gestion de la fonction publique soit de plus en plus confiée aux ministères, le Conseil du Trésor et son Secrétariat exercent un leadership stratégique dans le domaine de la gestion et de la réforme de la fonction publique en assumant la fonction d'un conseil de gestion. Ce rôle met l'accent sur la gestion axée sur les résultats et la facilitation, les mécanismes de contrôle centraux essentiels et l'intervention au besoin.

La mission du Secrétariat est de seconder le Conseil du Trésor et d'aider le gouvernement du Canada à mener ses activités efficacement en utilisant les ressources dont il dispose. Le Secrétariat met en vigueur les politiques élaborées par le Conseil du Trésor, en sa qualité de gestionnaire de la fonction publique, et il gère les ressources humaines, financières et matérielles qui lui sont affectées. Le travail est accompli par plusieurs directions et secteurs du Secrétariat mentionnés à la rubrique « Structure organisationnelle ».