L'Administration portuaire de Toronto est dirigée par un conseil d'administration formé de sept membres, nommés comme suit : le Gouverneur en conseil nomme un administrateur tel que proposé par le Ministre des Transports; la Ville de Toronto nomme un administrateur, la Province de l'Ontario en nomme un; les autres membres sont nommés par le Gouverneur en conseil, tel que proposé par le Ministre en consultation avec les usagers portuaires. Le conseil d'administration nomme un dirigeant principal, qui n'est pas membre du conseil.

Entreprise
Le siège social de l'Administration portuaire de Toronto est situé dans l'édifice administratif du secteur riverain historique. Le président-directeur général est responsable de la gestion de l'APT, de l'élaboration des orientations stratégiques en vue de l'expansion commerciale et de fournir un leadership au personnel. Le bureau du président-directeur général est également chargé de l'établissement et de la mise en œuvre de politiques et procédures pour l'entreprise. Les fonctions de soutien à l'entreprise et à l'administration comprennent : les finances et la comptabilité, la gestion des risques, la technologie de l'information, les services de bureau, les ressources humaines, les services juridiques et les documents et les archives.

Exploitation portuaire
Le Port de Toronto
Le capitaine de port est responsable de la gestion du mouvement, de la navigation et de l'amarrage des navires utilisant le port et le havre, afin d'assurer la sécurité et la conformité aux règlements. Le capitaine de port surveille les chenaux de navigation et les aides à la navigation, conformément aux normes de la Voie maritime du Saint-Laurent. Le capitaine de port administre également le programme d'examen du permis d'exploitant de navire à moteur, examine et fournit les approbations relatives aux diverses activités aquatiques et prend part à des activités de relations publiques avec des compagnies maritimes et la communauté de la navigation de plaisance.

L'APT est également propriétaire du terminal maritime, de l'entrepôt et des services intermodaux et les opérations sont gérées par la Société Logistec, qui supervise les débardeurs et fournit et entretient le matériel de manutention des marchandises. La compagnie assure le service à la clientèle et commercialise le port de Toronto en communiquant avec les clients et en préparant des estimations de prix.

Service des travaux
L'unité est chargée de fournir une grande variété de services d'ingénierie, d'entretien et de service à la clientèle. Ces services comprennent : l'entretien des aides à la navigation, du matériel de construction, de navires, de grues et véhicules; la manutention de fret spécial à l'aide de la grue très puissante et de la grue mobile à conteneurs ; les services maritimes comme l'électricité et l'eau fraîche pour les navires, les inspections de sécurité des navires, et les services de cale sèche et de brise-glace; le dragage et le nettoyage du port; le remblai du lac et la protection du littoral incluant la gestion du projet d'endiguement de la rue Leslie; la sécurité portuaire et l'intervention d'urgence; l'entretien de toutes les installations de l'APT incluant le système C.V.C., la plomberie et les services électriques, l'entretien des terrains et du pavage et la réparation et l'inspection des murs des quais et les tâches spéciales de maintenance incluant les ponts, les jetées, les passerelles de traversier, les murs des quais, les pistes de l'aéroport et les levés topographiques et hydrographiques.

Marina de l'avant-port
Le personnel de la marina est responsable de l'exploitation de la marina incluant la location de cales de lancement durant l'été et d'espaces d'entreposage extérieur pour les bateaux durant l'hiver, la coordination des lancements et halages de bateaux et de la facturation des clients. Les autres tâches du personnel comprennent l'entretien des services sur place, les inspections de sûreté et de sécurité, l'entretien du matériel, les services de machinerie et électriques/mécaniques, le service à la clientèle et le marketing de la marina.

Aéroport de centre-ville de Toronto
Le personnel de l'aéroport est chargé de l'exploitation globale quotidienne de l'aéroport et des traversiers, incluant la gestion des fournitures, des services et des installations. Un grand nombre de ses tâches est axé sur la sûreté et la sécurité; le personnel élabore et maintient le programme de sécurité de l'aéroport; coordonne le plan d'urgence de l'aéroport avec l'aide des services de police, d'ambulance et d'incendie, et de l'unité de contrôle du trafic aérien; entretient le matériel de sorte qu'il soit prêt pour toute urgence et prépare les rapports sur les incidents, le bruit, l'état des pistes, et les avis aux aviateurs. Le personnel de l'aéroport assure aussi le service à la clientèle, incluant les plaintes et la facturation et commercialise l'aéroport auprès du public.