Conseil d'administration
L'Administration portuaire de Trois-Rivières est dirigée par un conseil d'administration formé de sept (7) membres, nommés comme suit : le Gouverneur en conseil nomme un administrateur tel que proposé par le Ministre des Transports; la Ville de Trois-Rivières nomme un administrateur, la Province du Québec en nomme un; les autres membres sont nommés par le Gouverneur en conseil, tel que proposé par le Ministre en consultation avec les usagers portuaires. Le conseil d'administration nomme un premier dirigeant, qui n'est pas membre du conseil.

Premier dirigeant
À titre de responsable de l'institution, le premier dirigeant exerce la totalité des droits et responsabilités afférents à cette fonction en vertu de la Loi d'accès à l'information.

Opération
Le directeur des opérations a un rôle de planification, d'organisation et de contrôle portuaire. Il doit veiller au contrôle, à l'exécution et à la surveillance des divers travaux à caractère portuaire, préparer les appels d'offres et analyser les soumissions reliées à ces travaux et finalement agir comme conseiller technique auprès du premier dirigeant. Il doit aussi préparer, réviser et contrôler les horaires d'entretien régulier, sélectionner, évaluer et diriger le personnel technique sous sa gouverne. Il s'occupe aussi du département environnemental et du département de la capitainerie.

Marketing
Le vice-président marketing et développement des affaires est responsable des activités de marketing, de publicité et de développement des affaires. Celui-ci entretient de bons rapports avec l'industrie maritime et le milieu des affaires dans le but de connaître et satisfaire les besoins de la clientèle présente et future; participe à l'élaboration des grandes orientations de l'entreprise et contribue à l'atteinte de ses objectifs.

Finance
Le directeur des finances et du personnel est responsable des activités financières et du personnel. Il est responsable de la préparation du plan d'affaires, des budgets et de leur administration, de la préparation des budgets d'entretien en collaboration avec le directeur des opérations. Il assume la responsabilité des données du personnel.

Affaires juridiques et secrétariat
La Loi maritime du Canada créa un nouvel environnement et une nouvelle façon de faire des affaires pour les ports. À titre d'Administration portuaire canadienne, l'APTR bénéficie d'outils nécessaires pour conclure ses transactions d'une manière commerciale, efficace et opportune. L'APTR jouit d'une autonomie et d'une latitude beaucoup plus grande pour fonctionner selon des principes commerciaux et pour prendre des décisions d'investissement à l'avantage de l'ensemble du port.