Conseil d'administration
Le conseil d'administration de l'Administration portuaire de Windsor est composé de sept administrateurs. Le gouvernement fédéral, le gouvernement provincial et le gouvernement municipal nomment chacun un administrateur au sein du conseil d'administration. Les 4 autres membres sont proposés par le comité de nomination de l'Administration portuaire de Windsor puis nommés par le gouvernement fédéral. Le conseil d'administration élit, parmi les administrateurs, un président et un vice- président.

Direction générale
Ầ titre de chef administratif de l'Administration, le premier dirigeant s'acquitte des tâches que lui confient la Loi maritime du Canada, les Règlements, les Lettres patentes et les règlements administratifs et aussi la Loi sur l'accès à l'information et la Loi sur la protection des renseignements personnels.

Opération
Le personnel désigné est responsable des services d'ingénierie et d'environnement, de l'entretien, de la capitainerie et des services de sécurité.

Finances
Le personnel désigné veille à la gestion de la comptabilité générale, des finances et de la trésorerie, du service informatique, des ressources humaines ainsi que des achats et des approvisionnements.